在独立思考中为高等教育求解
其实，潘懋元对民办教育的关注，始于上世纪80年代。
1986年，66岁的潘懋元应邀去日本参加“亚洲高等教育系统中的公立和私立体制——问题与展望”理论研讨会。听了与会欧美高校代表关于民办高校情况的报告，回来后，他提出了一个新命题：中国能否发展好民办教育？
在那个年代，提出这个问题需要勇气。那时党的十三大还没有召开，所有制问题还是“雷区”，在教育这个领域讨论“私有”，未免显得过头，甚至是踩“红线”。
为了说服反对者，他采取了迂回策略，他对西方国家私立高校进行了深入研究，又认真领悟了国家政策和改革趋势，1987年，他发表文章提出，“教育的发展受教育外部规律的制约，教育体制改革一定受经济体制的制约，经济体制改革就是所有制的变化，以公有制为主体，集体所有制、私有制和公有制同样存在……在私有经济基础上，民办高教在中国发展是可行的”。这个观点首先破解了发展民办高校的理论难题，为当时刚萌芽的民办高等教育提供了理论支持。之后的实践，也验证了他的预言。
在高等教育大众化的领域，潘懋元再次体现了作为研究者的前瞻眼光。
1997年，我国高等教育的毛入学率是7.6%,加上高等教育自学考试也仅为9.1%。而这方面的国际权威理论学者马丁·特罗认为，高等教育毛入学率低于15%为精英教育阶段，15%到50%为大众化阶段，高于50%为普及化阶段。因此当时很多人认为，这个时候在中国提出高等教育大众化不符合国情，是“理论误导”。
但潘懋元坚持关注并研究高等教育大众化问题，他认为中国走高等教育大众化道路是必然的选择，需要提前进行研究。随后，他陆续写了《中国高等教育大众化之路》、《高等教育大众化的教育质量观》等系列文章。
他还预言，21世纪初中国高等教育必然要向两个方向发展，一是精英教育，一是大众化教育，为了防止精英教育受到大众化教育的冲击出现质量的下降，在高等教育大众化实施过程中，必须保护精英教育。
尊重是他育人的第一准则
潘懋元在大学时和同班同学龚延娇谈了恋爱，两人后来结婚，共同养育了三男一女。他们是令人羡慕的父母，女儿毕业于中国科技大学，成为厦门最早期的高级工程师之一。三个儿子，一位当了副市长，一位当了重点大学常务副校长，一位当了大学党委书记。
潘懋元的一位同事说，我们都称他们家是“一房三厅”，即一个大家庭里，有三位厅级干部级别的儿子，他的“育儿经”念得好。
但潘懋元说，我没有什么“育儿经”，我只认为，人格的养成比知识的教育重要得多，我主要是对他们进行人格的培养，不是婆婆妈妈，而是以身作则，无言之教。
潘懋元坦陈，他花在学生身上的时间，要比花在子女身上的时间多得多，同时，他也尊重学生的选择，尊重学生的学术观点。
在学术沙龙上，经常有学生说，“先生弄错了”，在说这句话的时候，大家从不用担心没顾及潘懋元的面子，因为先生总会静下来听学生讲自己错在哪里，从没有责备学生，更没有把自己的学术观点强加给学生。
在博士生选择学位论文选题时，潘懋元更是充分尊重学生，他说，学生选的题往往是自己感兴趣的问题，也是从自己的知识结构或工作经历中引发出来的。学生自己选的题，就会其乐无穷地去探究，就不会觉得苦，往往会得出创新性的观点。
他指导的两位博士生，在博士学位论文开题时，一位选作《学科建设：元视角的考察——关于高等教育学学科建设的反思》，一位选作《高等教育管理的价值问题研究》。大多数老师觉得这两个选题都太理论化，担心这两位博士生作不了，不同意他们的选题。但作为导师的潘懋元，力排众议，说服大家，支持学生的选题，并强调，我们不能都在搞实践问题研究，也要鼓励与支持一些年轻人作学科理论建设方面的基础研究。这两位博士生的博士学位论文分别获得了中国高教学会的优秀博士学位论文和福建省的优秀博士学位论文奖。
这几年，潘懋元设立“懋元奖”，从个人积蓄中拿出近40万元，对那些秉承其“板凳敢坐十年冷，文章不写半句空”、“敢为天下先”、“做学问先做人”之精神的优秀年轻师生给予奖励，但他自己在生活上，依旧布衣素食，不尚奢华。
他说，我个人在物质生活上已经没有什么可追求的了，最大的乐趣是得天下英才而育之。
小传
1920年，生于广东汕头。
1941年，考入因抗战迁往福建长汀的厦门大学。
1945年，大学毕业，到江西雩都县立中学任教。
1946年，任厦门大学附属小学校长，同时任教育系助教。
1951年，入中国人民大学，进修教育学研究生课程。
1956年，在厦门大学开设“高等学校教育学”课程，“高等教育学”第一次作为一门独立的课程搬上了课堂。
1957年，任厦门大学教务处副处长。
1964年，借调到当时的中央教科所工作。
1969年，下放到安徽凤阳县“五七”干校劳动。
1971年，调云南昆明劳动。
1973年，调回厦门大学工作。
1978年，主持创建了我国第一个高等教育研究机构——厦门大学高等教育科学研究室，兼任研究室主任。
1981年，招收了全国第一批高等教育学专业的硕士研究生，成为我国第一位高等教育学的硕士研究生导师。
1984年，主编的专著《高等教育学》出版，这是中国第一部高等教育学专著。
1986年，厦门大学高等教育科学研究所又获批准成为中国第一个高等教育学博士点，他也成为我国第一位高等教育学科的博士生导师。
1999年，被英国赫尔大学授予荣誉博士学位。
2000年，应邀赴日本广岛大学大学教育研究中心兼任客座研究员，并为研究生开“高等教育学专题”课程。
2008年，主编的专著《高等教育研究方法》出版。
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