施一公2003年被聘为正教授，是普林斯顿大学分子生物学系历史上最年轻的正教授。2007年3月，被授予普林斯顿大学讲席教授。2008年，婉拒了美国霍华德休斯医学中心（HHMI）研究员的邀请，全职回到清华大学工作，并出任清华大学生命科学与医学研究院副院长。【详细】

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2009年9月，清华大学发布通知，决定成立清华大学生命科学学院，同时撤销清华大学生物科学与技术系建制。原生物科学与技术系主任、医学院常务副院长、生命科学与医学研究院副院长施一公教授任生命科学学院院长。【详细】

年度成果：

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施一公饶毅联合为《科学》杂志撰写社论讨论目前中国科研经费分配体制及科研文化问题。作为清华大学生命科学学院教授、院长和北京大学生命科学学院教授、院长，两位科学家联合指出，一个简单但重要的起点是所有新的研究经费分配不再依赖私人关系。【详细】

美国当地时间4月30日，美国科学院发布消息，清华大学教授施一公当选美国科学院外籍院士；此前的25日，他还当选美国人文与科学学院外籍院士。

同年12月，施一公当选中科院院士。

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2014年、北京市启动第二批高层次党外代表人士挂职锻炼。参与挂职锻炼的均为党外人士、各领域的专家学者，到北京8个政府部门、市属国企挂职副局级领导职务。施一公挂职北京市卫计委副主任。【详细】

同时，施一公将出任清华大学校长助理。【详细】

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中共教育部党组决定，任命李一兵同志为中共清华大学委员会副书记、纪律检查委员会书记。教育部任命尤政、施一公为清华大学副校长。【详细】