近日,山东大学齐鲁医学院研究人员在《科学进展》发表最新研究,相关团队借助人工智能设计抗菌肽(AMP),为应对抗生素耐药性开辟新径。
设计AMP 面临探索庞大化学空间的挑战,耗时耗力。而人工智能的发展为其带来突破。目前,主要有两种基于 AI 的设计策略:一是用预测模型确定肽序列关键特性,过滤数据找出候选肽,但随着肽段长度增加,全局搜索计算成本过高;二是开发生成模型生成特定属性肽序列,能以较低成本探索更大空间。
据介绍,此次研究团队采用的扩散模型,作为生成模型的一种,在图像合成、蛋白质设计等领域表现出色。它基于扩散过程,包括将基础数据转化为高斯噪声的前向过程,以及将高斯噪声还原为所需样本的逆过程,通过双向整合获取高质量、多样化样本。
据此,研究人员合成了40 种多肽,其中 25 种展现抗菌或抗真菌活性。AMP - 29 对白色念珠菌有选择性抗真菌活性,在小鼠皮肤感染模型中,治疗 24 小时后,真菌量显著减少,炎症缓解。AMP - 24 对革兰氏阴性菌体外活性强,对皮肤和肺部鲍曼不动杆菌感染也有疗效。
研究发现,25种AMPs中,5种对特定真菌具有选择性活性,3种对特定细菌具有选择性活性,这表明AMPs的活性并非普遍适用。
这项研究为设计多样化AMP 提供有效途径,有望在应对抗生素耐药性威胁方面发挥重要作用,助力解决公共卫生领域的一大难题。此外,该方法还可用于针对不同生物靶点创造生物活性分子,推动突破性治疗药物的开发。
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https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adp7171#tab-contributors
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