9月3日，饶毅正式辞去北京大学生命科学院院长的职务，加州大学洛杉矶分校吴虹教授出任新一任院长。之后，饶毅在博客中用孟子的“尽其心、以事天”总结工作，结尾还写到“我个人感谢今天凌晨学院老师给我寄来的评语/悼词，活着听悼词乃人生一大幸福”。很多人对饶毅的卸任辞表示惋惜，在接受光明网记者采访时，饶毅表示，卸任领导职务可以检验“（学术）体制的稳定性”， “院长本身的工作，我已经做了很多，并无特别遗憾。”
“卸任才能检验学术体制的稳定性”
饶毅是美国加州大学旧金山分校的神经科学博士，曾任美国华盛顿大学、西北大学教授，其实验室研究方向是高等动物发育的分子信号和行为的分子机理。2007年，饶毅回国成为北京大学首位全球公开招聘的院长，当时引起了不小的反响，并被认为是中国科技界吸引力增强的标志之一。
回顾在任期间的工作，饶毅称，“任内最重要的工作是建立了新体制，在师资方面是引进、评价、审核、晋升教授等人员的体系，在学生方面是个体化教育体系”。饶毅一直以院系的体制机制改革为核心，在推动科学体系改革、资源配置、教育与文化氛围培养几方面做出不懈努力。
他认为，体制建设的成功，远比个人长期任院长更重要。 而主动辞去职务，也是因为在他看来，卸任才能够真正检测体制的稳定性。
在不足千字的回复邮件中，饶毅提到“体制”多达14次，足见其对这个问题的重视。
饶毅认为,“很多人担心体制建设是否成功，是否稳定，一般人的做法是长期任领导以保证新体制的稳定，我想换一个方式：卸任。通过观察卸任后体制的运行，而检验新体制是否成功，可以脱离个人，只依赖体制来保证北大生科院长期稳定地在符合学术规律的体制引导下发展”。
饶毅是科技体制改革的积极拥护者和践行者，在公众视野中，多年来他对中国的科技体制提出过许多直言不讳的批评。2004年，饶毅与鲁白、邹承鲁曾在英国《自然》杂志增刊上撰文，指出中国行政与科技的“严重错位”，人际政治在科技界起着主导作用，科技部的权力之大严重制约了科技的进步。2010年，他与好友、清华大学生命科学学院院长施一公联名在《科学》杂志上撰文，抨击基础科研基金分配存在的严重问题，指出现行分配机制更多靠关系而非学术水平高低。
2011年4月，科技部部长万钢公开回应了饶毅和施一公的文章，称其“指出了在科学研究中、特别是在参与国家各类科技计划中的一些问题，一是国家科研经费的分配，二是竞争的公平和透明问题。”也就在这年，饶毅成为中科院院士增选候选人，8月落选，饶毅随后宣布永远不再参选中科院院士。
饶毅的批评性文章经常会在网络上掀起轩然大波，让人们常常会忽略他的科研成就，更多记住了他的犀利言论。然而饶毅的这些言论不单单只是为批评而批评，他希望能通过这些话改善中国的科研氛围。
5年多来，作为北大生科院院长，饶毅在不断呼吁并尝试改变中国的学术评价体系，重视和褒奖做出重大贡献却默默无闻的科学工作者。他在学院通过建立教授聘用评审体系，施行教授预聘制、强化行政服务理念、用切实可行的方法推进教学工作、获得研究经费、改善科研空间，为学院发展打下坚实的发展框架。
“一个人一定不能做武大郎 ”
9月3日，在北大生命科学学院召开全院教职工大会上，北大党委组织部宣读了学校关于生命科学学院新一届行政领导班子的任命决定，并表示饶毅等原班子成员自然免职。
2012年，饶毅完成在北大的第一个五年任期， “当时学校和很多其他人都认为我应该续任，没有准备很好地评审我五年工作情况，只让我在院系领导的午餐会讲讲。这当然是学校对我的支持和信任，也是原来没有评审院长的习惯。”
当年5月份，饶毅自发递交五年工作的书面总结，并要求校方评审，以此支持并促进学校能够对院长有严格的体制要求。
总结中，饶毅在最后明确了自己不再续任的意愿，这也是饶毅第一次正式提出卸任。现如今，院长评审和招聘程序已经成为北大生科院“新体制”的一部分，也给北大其他学院与其他学校提供了参考。
在他看来，“体制建设的成功，远比个人长期任院长重要。”
“我曾多次希望以院长职位招聘其他科学家，一个人一定不能做武大郎，碰到比自己好的人，为了国家、为了北大，一定应该用各种方法争取，包括自己不做院长、请对方做。”
饶毅在任时另一部分落实的工作，就是以院长职位招聘其他可能做好院长工作的人，饶毅说，“我还任麦戈文脑研究所所长，我也还在试图以所长职位招聘其他人。”
“科研时间没变，变的是行政和教学比例”
在去年接受媒体采访时，饶毅就表示希望科技体制改革，最终能让多数教书的人对行政职务失去兴趣，不愿做院长甚至系主任，而更愿意去做专心科研教学的教授，而体制最终也能让教授影响一些重大方向决策。
现如今，这位北京大学终身讲席教授又重回讲台，饶毅介绍在他的工作时间安排上，行政的比例大大减少，教学的工作量在增加。本学期第一周，饶毅就打破了一生里讲课最多的记录，一周内有5堂课，而每堂课是2个小时。饶毅告诉记者说，他挺喜欢教学，而且喜欢思考型而非背书型的方式，并用自己编选的教材。
我们从数据中看到，从2007年到2013年，生命科学学院教授和研究员数量净增加了32人；研究生数量增长2倍多；科研发展相关资金增长了近数倍；教职工待遇也平均翻了一番。学院的论文在数量稳步增长的前提下，质量持续提升，《美国科学院院报（PNAS）》以上的高影响论文从2007年的9篇增长到2013年（截至8月20日）的20篇。
饶毅说，“对教学有很多努力，有些做成了，有些还需要进一步的工作。”在任期间饶毅推行了学生的个体化教育，允许和鼓励学生根据自己的特长和兴趣设计自己的教学方案，同时他还给予了教学老师切实且相当量的支持，让他们从教学得到正反馈。
“多年后的今天我依然清晰的记得饶老师当年在讲台上介绍讲座嘉宾的一句开场白：“我请来的讲座人，不看他有什么样的头衔，只看他真正做了什么！”借此祝愿饶老师多做真东西，做出好东西！”很多人在饶毅的博客下留言，表达祝福和敬意，甚至将饶毅称为科研路上的偶像。
同在院系体制上的改革一样，饶毅希望新的体系与学术风气都能够持续稳定的发展， 他说，“教育不是一时就可以完成的，还需要很多人继续努力。”
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