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南方海洋科学与工程广东省实验室(广州) |
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推出全球首个深海多组学资源平台 |
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本报讯(记者朱汉斌)南方海洋科学与工程广东省实验室(广州)副主任钱培元团队携手香港科技大学海洋科学系教授吴龙君团队,推出全球首个深海多组学资源平台——DOO数据库。该数据库自正式上线以来,已吸引来自28个国家的900多次访问。相关成果近日发表于《核酸研究》。
据介绍,作为国际首个且规模最大的深海动物多组学数据库,DOO数据库致力于构建一个集多组学数据整合、定制化分析工具提供、跨物种比较与进化研究支持于一体的一站式平台,推动深海生物学、极端环境适应机制及深海生物资源的研究与应用。
研究团队收集并整合了68个深海动物的丰富多组学资源,包括72个基因组资源、950个转录组、1112个宏基因组及15个单细胞转录组。这些资源涵盖软体动物、环节动物、节肢动物、脊索动物、刺胞动物和棘皮动物等门类,覆盖了冷泉、热液喷口和海山等特殊深海生境类型。研究团队还整合了1413条古生物化石记录,为从演化生物学角度解析深海生物的环境适应策略提供支持。
DOO数据库集成了多个功能强大的模块。其中,基因与基因组模块涵盖了基因结构和功能注释、转录因子、泛素家族、转座子、基因家族等多个方面,为深入研究基因特征提供支持;功能基因组分析模块包含基因共表达网络、动态网络可视化、单细胞图谱可视化和宏基因组等功能,有助于揭示基因之间的相互作用和功能机制;进化与比较基因组模块则具备深海动物间微观和宏观共线性分析、祖先核型重建和进化树构建等功能,为探索深海生物的进化历程提供工具。
相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1096
《中国科学报》 (2025-11-20 第3版 综合)