作者:李晨阳   孟凌霄 来源: 中国科学报 发布时间:2023-4-3
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从洗菜开始,攻下“看似不可能”的课题

 

由于常洗菠菜,刘昊的白大褂都绿了。课题组供图

■本报记者 李晨阳 见习记者 孟凌霄

5年前的夏天,中科院生物物理研究所园区回荡着悠长的蝉鸣。当时22岁、正在读大四的刘昊走进研究员柳振峰的办公室,想要到柳振峰实验室实习。

柳振峰在电脑上打开一张PPT,上面是植物光合作用的分子机制图。在植物细胞中,叶绿体像一个个迷你“生产车间”,其中内部培养的“工人”——蛋白质很少,90%以上的蛋白质要从外部引进。这些蛋白质要进入叶绿体发挥作用,需要经历一段复杂的运输过程。

“你知道叶绿体膜上这个帮助蛋白质‘进门’的结构是什么吗?”柳振峰试探地问,这个知识点有些冷僻,他没指望刘昊能答上来。

没想到,眼前这个年轻人回答得头头是道——这正是他感兴趣的研究方向。就这样,师生初见的短短几个小时里,刘昊就赢得了柳振峰课题组的入场券,并确定了未来5年的博士研究方向。

近日,27岁的刘昊以第一作者身份在《自然》发表论文,解析了叶绿体蛋白质传送器的组装原理。这时柳振峰才笑着承认,当初他有意“忽悠”了一下这个小伙子:“我没告诉他这个课题到底有多难。”

被“忽悠”来的科研苗子

光合作用就是植物通过叶绿体,把光能转化为化学能的过程,是地球上最重要的化学反应。

“在光合作用中,植物如何做到高效吸能、传能、转能,是科学研究的核心问题之一。”柳振峰对《中国科学报》解释,叶绿体中有着复杂空间结构的叶绿素蛋白复合体是重要的能量“传送器”和“转换器”。

叶绿体中蛋白质的来源大致可分为两种,其中不到10%的蛋白质是由叶绿体内部基因编码的,90%以上的叶绿体蛋白质是由细胞核中基因编码的。后者要进入叶绿体,需要连续穿越叶绿体特殊的内、外双层膜结构。为它们开辟道路的是名为TOC-TIC的蛋白质转运复合体。位于叶绿体外膜上的转运体被称为TOC,位于内膜上的转运体则被称为TIC。

过去30年间,组成TOC和TIC的不同蛋白亚基已被陆续发现,而二者构成的TOC-TIC超复合体如何组装,如何跨越叶绿体内、外膜,又如何组成前体蛋白的运输路径,这些关键科学问题还未能研究清楚。

“在真核生物体中,叶绿体和线粒体是具有双层膜结构的细胞器,像叶绿体TOC-TIC这样能够跨越双层膜的蛋白质转运复合体比较罕见,并且它还具有非常重要的生物学功能。它本身的组成和结构非常复杂,而且在细胞内的含量很低,因此研究难度很大。”柳振峰说。

然而看着眼前这个“初生牛犊”般的科研苗子,柳振峰怕把他“吓跑了”,有意在表述上“打了个折”。

“这个课题很有趣,不过可能做四五年也不一定有结果,你愿意来吗?”

刘昊接受了挑战:“当时找到柳老师,就是出于对植物膜蛋白的兴趣,所以不管5年还是更久,只要能做出来就行。”

科研攻关从“洗菜”开始

对冷冻电镜研究来说,样品的质量极为关键。“巧妇难为无米之炊”,很多时候,同样拥有冷冻电镜的研究单位,之所以有的能快速取得高质量结果,有的迟迟难以突破,主要瓶颈往往就在样品的收集和制备环节上。

在植物和藻类中,叶绿体TOC和TIC蛋白的天然丰度比较低。如何从叶绿体中获得又多又好的TOC-TIC超复合体做实验,成了研究初期最大的难题。

植物叶绿体的优质来源是菠菜。于是去菜市场拎5斤菠菜,再回实验室把一大盆菠菜清洗、分离、提纯,这一系列操作,成为刘昊做研究的常态。

久而久之,这个小伙子成了洗菠菜的“熟练工”。要想洗得干净,就得用蒸馏水反复冲刷,每一片绿叶都清洗6遍,还不能使用超声波等技术清洗,只能轻柔手洗,以使TOC-TIC超复合体形态完整。

刘昊自嘲地说,洗菜已经成了“职业病”,即使回家洗菜、择菜,也保持着实验室的手法和速度。

但藻类叶绿体样品的收集,就没这么容易了。

柳振峰团队曾经向国际衣藻资源中心订购实验所需的莱茵衣藻。然而,这株漂洋过海的藻种,经历了被喷酒精和消毒等波折到达研究所时,几乎“没剩几个活细胞”,险些被扔进垃圾箱。

抱着“死马当活马医”的心态,刘昊还是把藻种放进安装了光源的恒温摇床中摇着。“我没事就去看看它,一直都长得很缓慢,但突然有一天,它变绿了。”

另一株来之不易的藻种,则多亏了一位好心的瑞士老先生。他是瑞士日内瓦大学教授Jean-David Rochaix。2018年召开的第二次世界生命科学大会上,Rochaix得知柳振峰课题组正在开展这方面的工作后,便主动提出共享自己实验室的带有特殊亲和标签的藻株。用这个藻株做实验,意味着将大大简化提取步骤,加快实验进程。

但由于种种原因,在长达两年的时间里,他们一直没能拿到这个藻株。在Jean-David的不懈坚持和争取下,藻株终于辗转寄到了柳振峰课题组。

获得足够的实验样品后,他们很快使用冷冻电镜技术,对TOC-TIC复合物中的孔道特征进行了细致观察和分析,并揭示了叶绿体蛋白质传送器的组装原理。经过半年多的反复审稿修改,这项研究终于在《自然》发表。

“与一流科学家开放地交流和合作,能促成很多出色的成果,这株跨越大洋的藻种证明了这一点。”在柳振峰看来,这次研究结果的发表离不开国际交流和合作,“我们毫不犹豫地把论文初稿发给Rochaix教授,并在征得他的同意后,把他的名字写在了论文的共同作者中”。

算上Rochaix,这篇论文只有4位署名作者。博士生刘昊、李安节分别为论文的第一和第二作者,柳振峰则为通讯作者。

柳振峰表示,自己课题组产出的论文作者人数偏少,与科研的不同组织模式有关。他们这种“小团队作战”,参与者都必须承担大量工作,但往往有“高密度”的收获。

对此,刘昊和李安节深有体会。

“在我们课题组,柳老师对我们的要求是,每个人都要完整掌握实验的全套流程。”李安节说,“这样会很辛苦,但对我们的成长非常有益。”

实验后期,李安节主要负责分子动力学模拟,但这一体系不同于传统结构解析,还需要有扎实的计算机科学、生物化学和生物物理学等学科基础。李安节花了两周时间,一头扎进新领域的文献海洋。“程序跑通的那一刻,真感觉挺厉害的!” 在这个课题组,发论文的效率也许不是最高的,但人才培养的效率并不低。

不要只摘“低垂的果实”

在柳振峰看来,从结构生物学的传统优势出发,阐明光合作用微观机理,是一项“值得投入几代人”的研究。

过去200余年间,国际上与光合作用相关的研究成果已经10余次问鼎诺贝尔奖。其中,光合膜蛋白的三维结构研究一直是国际公认的高难课题,被认为是一个国家结构生物学研究水平的重要标志。主持完成我国第一个膜蛋白晶体结构测定的科学家,正是柳振峰的导师——中国科学院院士常文瑞。

1998年,柳振峰来到生物物理所常文瑞课题组,选择了一个“看似不可能”的课题——菠菜捕光复合物的结晶和结构解析。在延期毕业近一年后,柳振峰终于在《自然》上发表了得到国际同行高度认可的论文。

2018年,柳振峰在实验室第一次见到刘昊时,也抛出了一个“看似不可能”的课题。如今,时隔近20年的两篇《自然》论文,串起了3代结构生物学者的科研人生。

过去解析一个分子结构需要几年时间,如今随着冷冻电镜和深度学习技术的快速发展,仅需几个星期甚至几天就能完成。那么,结构生物学研究背后的真正问题是什么?

刘昊记得,柳老师总挂在嘴边的一句话是,不要只摘“低垂的果实”。因此,柳振峰招收学生时,从不关注对方发过几篇论文,只关注对方“愿不愿动脑筋、会不会提问题”。在他的课题组,没有发表论文的数量要求,只关注一项研究是否把科学知识的边界往前推动了一大步。

对刘昊来说,结构生物学研究最令他激动的一刻,不是得知文章被《自然》接收,而是解出TOC-TIC超复合体电镜密度的一刻。“我也能解出这么难的问题?”与探索未知的收获相比,在顶刊发表论文就显得“平淡多了”。

正如柳振峰所说,“解析结构并不是我们的目的,更重要的是发现结构背后的规律性原理。结构生物学真正的核心在于提供开创性框架,给后来者带来新的启发、创造新的起点” 。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41586-023-05744-y

《中国科学报》 (2023-04-03 第3版 综合)
 
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