期刊名：Genes

期刊主页：https://www.mdpi.com/journal/genes

栏目介绍

“微生物遗传学与基因组学”（Microbial Genetics and Genomics）是Genes 期刊设立的18个学科栏目之一，致力于推动微生物遗传机制及基因组学前沿研究的交流与发表。该栏目现由63位来自世界各地的优秀学者组成编委团队，其中包括来自中英国诺丁汉大学的Thorsten Allers教授，来自意大利维罗纳大学的Tiziana Pandolfini教授等微生物遗传与基因组研究领域的知名专家，为栏目的学术质量和学科发展提供坚实保障。自创立以来，该栏目已成为领域内重要成果的发布平台，截至2025年8月，已累计发表研究论文逾729篇。

栏目主编

Jose María Requena教授

塞韦罗·奥乔亚分子生物学研究中心（西班牙国家科学研究委员会 - 塞维利亚自治大学）

Jose María Requena教授自2003年起担任塞韦罗·奥乔亚分子生物学中心（CBMSO）课题组组长。他的研究主要围绕分子生物学和生物医学领域展开，重点致力于利什曼原虫的基因组与基因表达调控机制研究，同时参与利什曼病的诊断策略及免疫预防系统开发工作。其在热休克反应调控方面的研究成果尤为突出，揭示了转录后调控机制（如RNA稳定化和翻译沉默）的重要作用。值得一提的是，其课题组首次报道了利什曼原虫属一个物种的转录组数据，为全基因组范围的基因表达研究奠定了基础。

Silvia Turroni 博士

意大利博洛尼亚大学

Silvia Turroni博士是意大利博洛尼亚大学药学与生物技术系副教授，专注于人体微生物组研究。她在生命早期肠道菌群建立、发育及其对健康影响领域贡献突出，深入探索了营养、环境与微生物组的交互作用。Turroni博士曾参与多项欧盟重点项目，并与Marco Ventura教授领导的国际知名团队紧密合作，在高水平期刊发表多篇重要论文，显著推动了人类微生物组在健康与疾病中作用的认知。

精选文章

1. Nanopore-based direct RNA sequencing of the Trypanosoma brucei transcriptome identifies novel lncRNAs

纳米孔直接RNA测序揭示布氏锥虫转录组全新长链非编码RNA

Elisabeth Kruse, et al.

https://doi.org/10.3390/genes14030610

文章简介

本研究利用牛津纳米孔技术（ONT）对非洲锥虫（Trypanosoma brucei）两个主要生活史阶段（血液期与昆虫期）进行全长直接RNA测序（DRS），首次绕过传统短读长RNA-seq的cDNA反转录与PCR扩增偏差，系统绘制了该病原体的原生RNA景观。作者共鉴定出207条此前未被注释的长链非编码RNA（lncRNA），其中32条呈阶段特异性表达；同时解析了转录起始/终止位点、可变剪接接纳位点（SAS）、可变多腺苷酸化位点（PAS）及poly(A)尾长度异质性等转录组复杂特征。该工作不仅将锥虫lncRNA目录扩展至原有水平的数倍，也为理解其完全依赖转录后调控的基因表达模式提供了新的非编码RNA维度，为后续功能研究及潜在干预靶点挖掘奠定了高分辨率图谱基础。

2. Metagenomics Reveals Specific Microbial Features in Males with Semen Alterations

宏基因组学揭示精液异常男性特有的微生物特征

Iolanda Veneruso, et al.

https://doi.org/10.3390/genes14061228

文章简介

本研究采用MiSeq高通量测序，对20 例男性精液样本（10例参数异常，10例正常对照）的16S rRNA V4–V6 区进行宏基因组分析，系统比较两组间微生物群落结构差异。结果显示，病例组微生物α多样性（richness 与 evenness）显著降低；Mannheimia、Escherichia-Shigella 及Varibaculum三属在病例组中显著富集（q < 0.05）。进一步关联分析表明，上述菌群特征与精液高黏度呈正相关。研究提示，精液微生物组可作为潜在生物标志物，用于男性生育力评估及不育干预靶点的筛选，但其机制及大规模人群适用性仍需后续验证。

3. Transcriptome analysis of Streptococcus mutans quorum sensing-mediated persisters reveals an enrichment in genes related to stress-defense mechanisms

变形链球菌群体感应介导的持留菌转录组分析：应激防御系统基因显著富集

Delphine Dufour, et al.

https://doi.org/10.3390/genes14101887

文章简介

本研究以人类口腔致病菌变形链球菌（Streptococcus mutans）为模型，系统解析群体感应（quorum-sensing, QS）信号CSP（competence-stimulating peptide）触发抗生素持留菌（persisters）的分子特征。作者利用外源CSP模拟DNA损伤胁迫，经氧氟沙星筛选获得持留亚群后，采用高通量RNA-seq对比静止期正常细胞与持留菌的全局转录差异。结果显示，CSP诱导的持留表型伴随多重应激防御通路的显著上调，包括多药外排泵、精氨酸脱亚胺酶（ADI）途径及Opu/Opc相容性溶质转运系统；同时证实YycFG双组分系统关键激酶VicK的失活可完全阻断CSP介导的持留形成。该研究首次在转录组水平揭示QS信号与持留菌应激网络的功能耦合，为靶向持留菌干预、降低链球菌感染复发及耐药进化风险提供了新的策略线索。

精选特刊

“RNA”栏目——关注RNA在细胞中的功能的前沿研究 | MDPI Genes

栏目介绍

“RNA”栏目是Genes 期刊18个学科栏目之一。目前，该栏目由50位来自全球的知名学者担任编委会成员，包括英国伦敦大学帝国理工学院的Graham Williams教授，美国奥古斯塔大学的Joseph M. Miano教授，中国科学院北京基因组研究所的杨运桂教授和北京大学的崔庆华教授等RNA领域的知名学者为该栏目提供学术支持。截至2025年9月，该栏目已发表165篇论文。

栏目主编

Christiane Branlant 博士

法国洛林大学

Christiane Branlant 博士，法国国家科学研究院名誉研究主任，法国国家科学研究院洛林大学，IMoPA 实验室，国家研究机构 (巴黎) 科学顾问。目前的研究兴趣为RNA 结构/功能/进化、RNP 组装/结构/活性、核糖体生物合成、剪接体结构、组装、调控、小型和大型非编码 RNA 结构/功能、RNA 中的修饰残基、病毒 RNA的结构、与蛋白质的相互作用、翻译。

精选文章

1. miRNAs: The Road from Bench to Bedside

miRNA：从实验室到临床之路

Giuseppe Iacomino

https://doi.org/10.3390/genes14020314

文章简介

miRNA 是一类小型非编码 RNA，在转录后水平调控基因表达。miRNA 的失调已被证实会影响细胞和组织的状态和功能，并导致其功能障碍。本文旨在全面概述 miRNA 在疾病治疗和作为下一代医学早期诊断工具方面提供的若干待解决问题的现有知识，以及 miRNA 在疾病治疗和作为下一代医学早期诊断工具方面提供的新机遇。

2. Towards a Cure for HARS Disease

寻找治疗 HARS 疾病的方法

Sarah D. P. Wilhelm, et al.

https://doi.org/10.3390/genes14020254

文章简介

组氨酰-tRNA合成酶（HARS）将组氨酸与其同源转移RNA（tRNAHis）连接。HARS突变会导致人类遗传性疾病Usher综合征3B型（USH3B）和腓骨肌萎缩症2W型（CMT2W）。这些疾病的治疗仍需根据症状进行，目前尚无针对特定疾病的特效疗法。我们讨论了HARS突变表征的最新进展，以及氨基酸和tRNA疗法在未来基因和等位基因特异性治疗中的潜在应用。

3. Genome-Wide Analysis on Driver and Passenger RNA Editing Sites Suggests an Underestimation of Adaptive Signals in Insects

全基因组水平对昆虫“驱动”与“乘客”RNA编辑位点的分析提示适应性信号被低估

Yuchen Zhang, et al.

https://doi.org/10.3390/genes14101951

文章简介

本研究利用果蝇脑RNA编辑组系统地研究了编辑位点之间的LD（r2），并推断其对RNA编辑适应性信号的影响。首次定量地证明了RNA编辑事件之间的关联源于搭便车效应，并导致非同态RNA编辑的适应性信号被低估。本研究成果为研究RNA编辑事件的进化意义提供了新的见解。

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