论文标题：Improved Brassica rapa reference genome by single-molecule sequencing and chromosome conformation capture technologies

期刊：Horticulture Research

作者：Lei Zhang et al

发表时间： 2018/8/15

数字识别码：10.1186/s41438-018-0071-9

原文链接：https://www.nature.com/articles/s41438-018-0071-9?utm_source=Other_website&utm_medium=Website_linksWebsite_links&utm_content=JesGuo-Nature-Horticulture_Research-Biology-China&utm_campaign=NROAAJ_USG_JRCN_JG_NROAAJ_Improved

基因组：野芥菜的新基因图

研究界现在已发表了一个详细的芸薹属植物的第三代基因组，包括大白菜，萝卜和白菜等。在这之前，较老的技术要求研究人员必须把很多测量出的DNA的短序列拼在一起来得到一个基因组图。上一版本的油菜种基因组是从96，883个短序列拼装出来的。而最近开发的方法能让研究人员获得更长的， 保真度高的序列。所以这一次，中国农业科学院蔬菜花卉研究所以及山东省农业科学院蔬菜研究所研究员王晓武，百迈客生物科技有限公司的董事长郑洪坤和其他同事仅用了1498个序列来拼装新版本的油菜种基因组。这次用的方法比以前的方法在精细度上有很大的改进，而且增大了获得重复度高的基因区域的图谱的可能性。这个新的基因图有助于育种工作，可更好地比较不同的芸薹属植物的基因组，并增进我们对基因组进化的理解。

摘要

芸薹属包括了许多重要的经济农作物，比如栽培蔬菜和油料作物。现有的油菜种参考基因组比较支离和缺乏连贯性，所以阻碍和限制了基因学和基因组方面的分析。我们在报道里描述了一个有明显改进的第三版芸薹属基因组，其中使用的技术包括单分子测序，光学标测，和染色体构象捕获技术。相对前几版的参考基因组，我们用来拼装的DNA的序列的长度的中位数是1.45Mb，比以前改进了30倍。我们也发现了一个发生在120万年前的新现象，有一个长末端重复序列反转录转座子在油菜种基因组里扩张了。我们的分析发现它位于油菜籽基因组的着丝粒。油菜种基因组第三版的序列在域内会是一个基因学和基因组学研究的重要资源。它会帮助芸薹属植物的育种以及与其他芸薹属物种的比较基因组分析。

三个版本的油菜种以及一个甘蓝种的基因组的序列里，完整的长末端重复序列反转录转座子在不同时间点的数目 （单位MYA是一百万年前）。

Abstract：

Brassica rapa comprises several important cultivated vegetables and oil crops. Current reference genome assemblies of Brassica rapa are quite fragmented and not highly contiguous, thereby limiting extensive genetic and genomic analyses. Here, we report an improved assembly of the B. rapa genome (v3.0) using single-molecule sequencing, optical mapping, and chromosome conformation capture technologies (Hi-C). Relative to the previous reference genomes, our assembly features a contig N50 size of 1.45 Mb, representing a ~30-fold improvement. We also identified a new event that occurred in the B. rapa genome ~1.2 million years ago, when a long terminal repeat retrotransposon (LTR-RT) expanded. Further analysis refined the relationship of genome blocks and accurately located the centromeres in the B. rapa genome. The B. rapa genome v3.0 will serve as an important community resource for future genetic and genomic studies in B. rapa. This resource will facilitate breeding efforts in B. rapa, as well as comparative genomic analysis with other Brassica species.

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（来源：科学网）