近日，中国科学院生物物理研究所研究员周政与北京生命科学研究所研究员徐纯福在《核酸研究》（Nucleic Acids Research）杂志合作发表论文。该研究利用最新的AlphaFold3人工智能模型，首次建立了一个全面的核小体结合蛋白在线数据库和分析平台(http://bigdata.ibp.ac.cn/ncpbindersdatabase-app ; http://bigdata.ibp.ac.cn/analysis-app)。

研究团队开发了独创的SF评分系统，用于定量评估蛋白质与核小体的相互作用强度，就像给蛋白质与核小体之间的“握手强度”打分。通过关键参数整合，确保研究人员能从海量的预测结构中准确识别哪些蛋白质是核小体的“真朋友”。此外，在线分析平台可接受多种文件格式（PDB、CIF或JSON），为研究者提供了强大的结构分析工具。

该研究建立的计算筛选程序为快速有效地发现和表征核小体结合蛋白提供了新途径。这一成果为理解染色质结构与功能机制提供了重要工具，对于推进表观遗传学研究、疾病机制解析以及靶向药物开发具有重要意义。随着AlphaFold技术的不断进步和更多实验验证的积累，这一在线数据库和分析平台有望成为染色质生物学研究的重要资源。数据库发表两周内，来自数十个国家的科学家已进行了数百次访问。

该研究得到国家自然科学基金、科技部、中国科学院战略性先导科技专项（B类）的经费支持，生物物理所蛋白质科学平台、生物成像中心提供了重要支撑和保障。

文章链接： https://academic.oup.com/nar/article/53/14/gkaf735/8223175