作者:李晨,马昕怡 来源:中国科学报 发布时间:2024/4/11 9:35:25
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首个对叶榕完整基因组发布

 

近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所农业基因组学技术研发与应用创新团队发布了首个榕属植物对叶榕端粒到端粒完整基因组,修正了原有基因组中存在的大量间隙和组装错误,大幅提升了对叶榕基因组的连续性、完整性和准确性。相关研究成果发表在《园艺研究》(Horticulture research)上。

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对叶榕。中国农科院农业基因组研究所供图

榕树是桑科榕属800多种植物的统称,广泛分布于热带和亚热带地区。榕属植物包含6个亚属,其中有2个雌雄同株亚属和4个功能雌雄异株为主的亚属。对叶榕属于聚果榕亚属,是一种非常典型的功能雌雄异株植物。通过研究对叶榕,可以更好地了解榕树的性别演化机制。

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对叶榕果实。中国农科院农业基因组研究所供图


由于这种榕树的叶片通常呈对生排列,即两片叶子对称地生长在枝条的相对位置上,所以取名为对叶榕。解析对叶榕基因组对生物学性状解析和基因功能的研究至关重要,然而,原有基因组中存在大量的信息缺失和组装错误,阻碍了进一步研究。

该科研团队综合利用多种测序技术,在原有基因组基础上重新组装、完善,发布了首个榕属植物对叶榕端粒到端粒完整基因组。该基因组大小371.8兆,所有序列均挂载到14条染色体上,成功注释了26642个编码蛋白基因。

经评估,基因组完整度达98.7%,并且基因组的连续性和准确性均得到了大幅提升。在此基础上,研究进一步构建了雄性和雌性花不同发育时期的基因调控网络,并鉴定得到了雄花发育的关键基因,为研究榕属植物重要特征和性别决定提供了重要资源。

该研究得到了国家自然科学基金等项目的支持。 

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/hr/uhad257

 
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