来源:Genome Biology 发布时间:2019/8/28 11:03:54
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Genome Biology | 七月内容更新

期刊:Genome Biology

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特刊发行

“Microbiome Biology 特刊正式发行”

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Genome Medicine 和BMC Biology 共同推出的微生物组生物学的特刊已经正式发行了!本特刊的客座编辑为来自美国加州大学圣地亚哥分校的Rob Knight 教授、宾夕法尼亚大学的Elizabeth Grice 博士、德国蒂宾根大学发育生物学的Ruth Ley博士和来自比利时鲁汶大学的Jeroen Raes 博士。本特刊涵盖微生物学各个领域的研究、方法和评论文章。点击此处了解更多

与编辑面对面

Genome Biology 的高级编辑Yixin Yao于8月15-18日出席在北京举办的表观遗传学和染色质生物学大会(Epigenetic and Chromatin Biology Congress)。欢迎发邮件至editorial@genomebiology.com预约会谈!

亮点文章

通过激活和靶向近端dsgRNAs来调节染色质的开放性,提高体内cas9的编辑效率

DOI:10.1186/s13059-019-1762-8

Guanwen Liu, Kangquan Yin et al.

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来自北京科院微生物研究所的Qiu 等人在本篇论文中研究发现:在水稻中Cas9基因组的编辑效率与其染色质的开放性有关。他们通过构建Cas9-tv(将合成转录激活结构域融合到Cas9),来实现更高效的编辑效率。通过将其进一步与dsgRNAs进行结合可以强化这种编辑效果,使得即便在封闭染色质区域也能实现高效的基因编辑,该研究尤其对靶向核酸酶难降解的区域进行基因编辑提供了新的思路。

频繁的种内和种间基因渗入形成了面包小麦遗传变异的格局

DOI:10.1186/s13059-019-1744-x

Hong Cheng, Jing Liu et al.

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来自中国西北农林科技大学的Jiang 等人对世界范围内93份的面包小麦种群进行了重测序,揭示了六倍体小麦遗传多样性来源于与野生小麦的种内及与更远缘野草的种间频繁杂交。为了解小麦起源、进化和驯化历史,克服小麦遗传资源同质化、促进小麦遗传改良提供了重要的数据资源。

细胞类型特异性的表观遗传与脑内精神分裂症风险的关系

DOI :10.1186/s13059-019-1747-7

Isabel Mendizabal, Stefano Berto et al.

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神经疾病中非编码区的细胞类型特异性表观遗传变异的重要性日益受到重视。来自美国乔治亚理工学院的Isabel等人通过对精神分裂症患者的甲基化组和转录组数据的研究发现:神经疾病相关的表观遗传失调首先靶向细胞类型表观遗传分化位点,这突出强调了细胞类型特异性表观遗传失调在神经类疾病中的重要性。

更多内容

Emerging technologies towards enhancing privacy in genomic data sharing

提高基因组数据共享隐私性的新兴技术

Bonnie Berger and Hyunghoon Cho

DOI:10.1186/s13059-019-1741-0

Population dynamics of the human gut microbiome: change is the only constant

人类肠道微生物群的种群动态:唯一不变的是一直在变

Sambhawa Priya and Ran Blekhman

DOI:10.1186/s13059-019-1775-3

CDetection: CRISPR-Cas12b-based DNA detection with sub-attomolar sensitivity and single-base specificity

CDetection:基于CRISPR-Cas12b的DNA检测,具有atto摩尔级的灵敏度和单碱基特异性

Fei Teng et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1742-z

Integrative analysis of vascular endothelial cell genomic features identifies AIDA as a coronary artery disease candidate gene

血管内皮细胞基因组特征的综合分析表明AIDA是一种冠心病候选基因

Simon Lalonde et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1749-5

Stable enhancers are active in development, and fragile enhancers are associated with evolutionary adaptation

稳定的增强子在发育过程中很活跃,而脆弱的增强子与进化适应有关

Shan Li et al.

DOI:10.1186/s13059-019-1750-z

Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods

自由序列比对方法的基准测试

DOI:10.1186/s13059-019-1755-7

Andrzej Zielezinski et al.

Spatial chromatin architecture alteration by structural variations in human genomes at the population scale

人类基因组结构变异对空间染色质结构的影响

DOI:10.1186/s13059-019-1728-x

Michal Sadowski et al.

SMURF-seq: efficient copy number profiling on long-read sequencers

SMURF-seq:长读长序列器上的高效拷贝数分析

DOI:10.1186/s13059-019-1732-1

Rishvanth K. Prabakar et al.

GEMINI: a variational Bayesian approach to identify genetic interactions from combinatorial CRISPR screens

GEMINI: 一种变异的贝叶斯方法,用于鉴定组合CRISPR筛选中的遗传相互作用

DOI:10.1186/s13059-019-1745-9

Mahdi Zamanighomi et al.

CONFINED: distinguishing biological from technical sources of variation by leveraging multiple methylation datasets

CONFINED: 通过利用多个甲基化数据集来区分生物来源和技术来源的变异

DOI:10.1186/s13059-019-1743-y

Mike Thompson et al.

CellSIUS provides sensitive and specific detection of rare cell populations from complex single-cell RNA-seq data

CellSIUS 能从复杂的单细胞RNA-seq数据中对稀有细胞群进行高灵敏和特异性检测

DOI:10.1186/s13059-019-1739-7

Rebekka Wegmann et al.

HUPAN: a pan-genome analysis pipeline for human genomes

HUPAN:人类基因组的泛基因组分析pipeline

DOI:10.1186/s13059-019-1751-y

Zhongqu Duan et al.

(来源:科学网)

 
 
 
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