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广东省农业科学院等 |
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构建首个整合五大组学的可视化兰科数据库 |
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本报讯(记者朱汉斌)广东省农业科学院环境园艺研究所、水稻研究所团队与合作者成功构建出全球首个整合五大组学的综合可视化兰科数据库——OrchidMD。这一成果为兰科植物的遗传机制解析、功能基因挖掘以及分子设计育种提供了极为关键的数据支撑与分析平台。相关研究成果近日在线发表于《植物生物技术杂志》。
OrchidMD数据库实现了基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表型组五大组学数据的深度整合。其数据覆盖范围广泛,涵盖了213种兰科植物,总数据量达329.4 GB。该数据库精心设置了23个功能模块,涵盖基因浏览、表达分析、共表达网络构建、GWAS关联分析、CRISPR靶点设计、基因家族分析等多个方面,能够为科研工作者提供一站式、全方位的多组学数据查询与可视化分析服务,极大提升了科研效率。
该数据库的数据资源丰富且优质。它汇集了22个高质量的兰科植物基因组、767个转录组样本、26个蛋白质组数据集以及51个代谢组数据集。同时,还整合了69224698个遗传变异位点以及84个关键表型性状数据。如此庞大且高质量的数据资源,为兰科植物的分子标记开发、功能基因挖掘以及育种研究筑牢了根基。
相关论文信息:
https://doi.org/10.1111/pbi.70445
《中国科学报》 (2025-11-27 第3版 综合)