《自然-遗传学》

YY1控制的调节连接和转录受细胞周期影响

美国宾夕法尼亚大学Gerd A. Blobel团队提出，YY1控制的调节连接和转录受细胞周期的影响。8月29日，相关研究成果在线发表于《自然-遗传学》。

很少有研究针对转录因子在物理连接增强子和启动子中的直接作用。在红细胞中，YY1的急性降解表明，它需要维持许多增强子-启动子环，而不是隔室或结构域。尽管有报道称YY1具有与内聚蛋白相互作用的能力，但YY1依赖性增强子-启动子环的形成并不涉及内聚蛋白介导的环挤出停滞。

通过整合有丝分裂与G1期动力学，研究人员观察到YY1在有丝分裂染色质上部分保留主要在基因启动子处，然后在有丝分化退出期间快速再结合，与增强子-启动子环的建立相吻合。在有丝分裂到G1期间期，YY1的降解揭示了一组增强子-启动子环，这些环在G1期进入时需要YY1建立，但在间期不需要YY1维持，这表明细胞周期阶段影响YY1的结构功能。

这一研究表明，转录因子的染色质结构功能在与CTCF和内聚蛋白的相互作用以及细胞周期阶段中可能会有所不同。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41588-024-01871-y

《细胞》

2500个食品宏基因组中发现未探索的微生物多样性

意大利特伦托大学Nicola Segata团队揭示了从2500个食品宏基因组中发现的未探索微生物多样性及其与人类微生物组的关联。该成果8月29日在线发表于《细胞》。

研究人员通过整合1950个新测序和583个公开的食品宏基因组，生成了开放获取的cFMD资源。研究人员生成了10899个宏基因组拼接基因组，涵盖了1036个原核生物和108个真核生物物种水平基因组（SGB），其中包括320个先前未描述的分类群。

食品SGB在食品类别内及其之间展示了显著的微生物多样性。超过2万个人体宏基因组显示，食品SGB平均占成年人肠道微生物组的3%。

菌株水平的分析突出了食品到肠道传播和肠道定殖的潜在实例，以及在食品和人类中具有不同基因组结构的SGB。

cFMD扩展了人们对食品微生物组的知识，揭示了它们在塑造人类微生物组中的作用，并支持未来在食品质量、安全和认证方面的宏基因组学应用。

复杂的微生物群落是人类食物的一部分，并影响人类自身的微生物组，但它们的多样性仍然在很大程度上未被探索。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.07.039