《自然—生物技术》

plexDIA提高灵敏蛋白质组学通量

近日，美国东北大学Nikolai Slavov等研究人员合作通过plexDIA提高灵敏蛋白质组学的通量。《自然—生物技术》近日在线发表了该成果。

为了提高敏感蛋白质组学的通量，研究人员开发了一个实验和计算框架，称为plexDIA，用于同时对肽和样品进行多路分析。使用plexDIA的复用分析可以在不降低蛋白质组覆盖率或定量准确性的情况下，以倍数增加标签数量的通量。通过使用三复合非异构质量标签，plexDIA可以对纳克级样品中多3倍的蛋白质比率进行定量。使用1小时的活性梯度，plexDIA在每个标记的三联体样本中量化了约8000个蛋白质，并提高了数据的完整性，将不同样本的缺失数据减少了2倍以上。

应用于单个人类细胞，plexDIA在每个细胞中量化了约1000个蛋白质，并在每个细胞使用约5分钟的活性色谱时，在一个plexDIA组中实现了98%的数据完整性。这些结果建立了一个通用框架，可用于提高敏感和定量蛋白质分析的通量。

据了解，目前的质谱方法能够对大量的样品进行高通量的蛋白质组学分析，但低样品量的蛋白质组学分析在深度和通量上仍然受到限制。

相关论文信息：https://www.nature.com/articles/s41587-022-01389-w

《自然—遗传学》

基于新基因排序策略的失眠症潜在机制假设

荷兰阿姆斯特丹自由大学Danielle Posthuma研究团队发现，失眠症的全基因组元分析将与代谢和精神病学途径有关的基因列为优先因素。相关论文近日在线发表于《自然—遗传学》杂志。

研究人员表示，失眠是一种可遗传的、高度流行的睡眠障碍，目前没有足够好的治疗方法。以前对130万受试者进行的全基因组关联研究确定了200多个相关位点。这种极端的多基因性表明还有更多的位点有待发现。目前的研究几乎将样本量增加了一倍，达到593724个病例和1771286个对照，从而提高了统计能力，并确定了554个风险位点（包括364个新位点）。

为了利用这些大量的基因位点，研究人员提出了一个新的策略，利用外部生物资源和跨风险位点的基因之间的功能相互作用来确定基因的优先次序。在所有3898个从风险位点牵连出来的基因中，研究人员对289个进行了优先排序，并发现脑组织的表达特异性和突触信号功能与神经元分化的特定基因组的富集。结果表明，这种新的基因优先排序策略产生了关于失眠症潜在机制的具体假设，而这些假设会被传统方法所忽略。

相关论文信息：https://www.nature.com/articles/s41588-022-01124-w