《自然—方法学》

科学家研发球体鉴定数据库工具

比利时根特癌症研究所Olivier De Wever团队开发了MISpheroID—— 一个运用最少信息鉴定球体的数据库和透明度工具。这一成果近日发表于《自然—方法学》。

MISpheroID联盟研发了一个众包知识库，该数据库包含了3058个已发表球体相关实验的实验参数。通过该数据库，研究人员确定了球体方法设置的异质性。对球体方法中选定变化的实证评估和实验室间验证揭示了对球体指标的不同影响。

为了便于解释、提高透明度和提高认识，研究人员定义了MISpheroID字符串，这是报告球体研究所需的最小实验参数。因此，MISpheroID是整合了宝贵资源和三维细胞模型的工具，便于挖掘实验参数并提高可重复性。

据悉，球体是在学术界和工业界具有广泛基础和转化应用的三维细胞模型。然而，尚未有与球体研究方法透明度和指导方针相关的研究。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41592-021-01291-4

新方法实现纳米孔长读高准确性

美国加州大学圣克鲁分校Benedict Paten、谷歌公司Andrew Carroll等研究人员合作开发出新方法PEPPER-Margin-DeepVariant，实现纳米孔长读的高准确性。相关论文近日在线发表于《自然—方法学》。

研究人员报道了一个单倍型感知的变体检测管线——PEPPER-Margin-DeepVariant，它能用纳米孔数据产生最先进的变体检测结果。结果表明，这个基于纳米孔的方法在全基因组范围内优于基于短读的单核苷酸变体识别方法，并在基于短读的基因分型失败的分段复制和低应用性区域产生了高质量的单核苷酸变体。

研究人员表明，这个管线可以用纳米孔读数提供整个基因组的高度连续的结果，在6个样本中连续跨越85%至92%的注释基因。研究人员还将PEPPER-Margin-DeepVariant扩展到PacBio HiFi数据，提供了一个高效的解决方案，性能优于当前的WhatsHap-DeepVariant标准。最后，研究人员展示了使用纳米孔和PacBio HiFi读数的从头组装修改方法，用于产生具有高精确度的二倍体组装。

据介绍，长读测序有可能改变变异体检测，因为它能到达目前难以测绘的区域，并常规地将相邻的变异体联系在一起，以实现基于读的相位。第三代纳米孔序列数据已经证明了长读长度，但目前对其基于孔隙的新信号的解释方法具有独特的错误特征，使得准确的分析具有挑战性。

相关论文信息：

https://doi.org/ 10.1038/s41592-021-01299-w

《自然—生物技术》

研究揭示面包小麦改良新靶点

沙特阿拉伯阿卜杜拉国王科技大学Brande B. H. Wulff小组宣布，他们通过对节节麦种群基因组分析确定了面包小麦改良的靶标。相关论文近日发表于《自然—生物技术》。

研究人员对242种节节麦基因组进行了测序，并将它们与小麦D亚型基因组进行比较，以表征基因组多样性。研究发现了一个罕见的节节麦谱系，其分布仅限于今天的格鲁吉亚地区，在独立杂交中对小麦D亚基因组产生重大影响，从而产生了现代面包小麦。

通过基于k-mer的关联作图，研究人员确定了具有抗病虫害候选基因的离散基因组区域，并证明了它们通过转基因和广泛杂交将功能转移到小麦中，包括生成包含多种节节麦的六倍体文库。利用节节麦祖先二倍体基因组的基因多样性，可以在适合育种的六倍体文库中进行快速性状发现和功能遗传验证。

据了解，节节麦是面包小麦D亚型基因组的二倍体野生祖先，是改善面包小麦性能和环境适应力的遗传多样性库。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41587-021-01058-4

《德国应用化学》

钙钛矿型量子点在太阳电池中的应用

美国得克萨斯大学奥斯汀分校Weiguang Chi团队报道了钙钛矿型量子点（QD）作为吸收体在钙钛矿型太阳电池中的应用。相关研究成果近日发表于《德国应用化学》。

QD由于其量子限制效应，保持了钙钛矿体材料的吸引力，并呈现出额外的优势，从而使其可作为钙钛矿太阳能电池的吸收体。

该文从纯化、器件制作、光吸收、电荷输运和稳定性等方面分析了钙钛矿量子点存在的问题和优点。此外，基于交换化学（离子和配体交换）、钝化工程（离子和配体钝化）和结构工程（传统/倒置、平面/介观和尺寸梯度结构），阐明了增强钙钛矿量子点和量子点太阳能电池的策略。

所有这些讨论将为钙钛矿量子点的进一步发展以及量子点太阳能电池的发展提供线索。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1002/anie.202112412