《自然—生物技术》

科学家开发出评估病毒基因组质量和完整性新工具

美国劳伦斯伯克利国家实验室Nikos C. Kyrpides、Stephen Nayfach等研究人员合作开发出评估病毒基因组质量和完整性的新工具。相关论文于12月21日在线发表于《自然—生物技术》杂志上。

研究人员报道了CheckV，这是一种用于识别封闭的病毒基因组、估计基因组片段的完整性并从整合的原病毒中去除侧翼宿主区域的自动化方法。CheckV通过将序列与完整病毒基因组的大型数据库进行比较来评估完整性，该数据库包括从对公开可获得的元基因组、元转录组和元病毒组的系统搜索中识别出的76262个病毒基因组。

在对模拟数据集进行验证并与现有方法进行比较之后，研究人员将CheckV应用到了由元基因组组装的病毒序列的各种庞大集合中，包括IMG/VR和全球海洋病毒组。这项研究揭示了44652个高质量的病毒基因组（>90％完整），尽管绝大多数序列是小片段，这突出了从短读本元基因组中组装病毒基因组的挑战。此外，研究人员发现去除宿主污染大大改善了辅助代谢基因的准确识别和对病毒编码功能的解释。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41587-020-00774-7

《自然—神经科学》

小胶质细胞通过固醇合成促进脱髓鞘病变修复

德国马克斯·普朗克研究所Gesine Saher、Klaus-Armin Nave等研究人员合作发现，小胶质细胞通过固醇合成促进脱髓鞘病变修复。这一研究成果12月21日在线发表于《自然—神经科学》。

据研究人员介绍，多发性硬化症中发炎、脱髓鞘的病变修复需要通过小胶质细胞/巨噬细胞来清除富含胆固醇的髓鞘碎片，并需要从促炎性病变环境转变为消炎性病变环境。随后，少突胶质细胞增加胆固醇水平，这是合成新髓磷脂膜的先决条件。

研究人员假设病变消退受髓磷脂和少突胶质固醇合成的胆固醇命运调节。通过整合基因表达谱、遗传学和全面的表型分析，研究人员发现，矛盾的是，髓磷脂吞噬小胶质细胞/巨噬细胞中的固醇合成决定了急性脱髓鞘病变的修复。小胶质细胞/巨噬细胞不是产生胆固醇，而是合成了脱氢胆固醇（直接胆固醇前体）。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41593-020-00757-6