论文标题：Predicting miRNA-drug interactions via dual-channel network based on TCN and BiLSTM

期刊：Frontiers of Computer Science

作者：Xiaoxuan ZHANG, Xiujuan LEI

发表时间：26 May 2024

DOI：10.1007/s11704-024-3862-1

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引用格式：

Xiaoxuan ZHANG, Xiujuan LEI. Predicting miRNA-drug interactions via dual-channel network based on TCN and BiLSTM. Front. Comput. Sci., 2025, 19(5): 195905

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文章摘要

本文提出了一种基于TCN和BiLSTM的双通道网络模型MDIDCN来预测MDI。该模型首先使用已知的二分网络来表示miRNA与药物之间的相互作用，然后使用图嵌入技术BiNE方法来学习两者的拓扑特征。之后利用TCN学习药物的MACCS指纹图谱，利用BiLSTM学习miRNA的k-mer图谱。将两者的拓扑特征和序列特征拼接在一起，形成两者的融合特征。最后，最大池化miRNA与药物的融合特征，并输入到softmax层中，得到两者的预测分数，进而得到潜在的miRNA-药物相互作用对。使用5折交叉验证，对MDIDCN模型在3个不同数据集上的预测性能进行了评估，平均AUC分别为0.9567、0.9365和0.8975。此外，对吉西他滨和hsa-miR-155-5p药物的案例研究表明，该模型具有较高的准确性和可靠性。综上所述，MDIDCN模型准确有效地预测MDI，对药物开发具有重要意义。

期刊简介

Frontiers of Computer Science （FCS）是由教育部主管、高等教育出版社和北京航空航天大学共同主办，南京大学支持，SpringerNature 公司海外发行的英文学术期刊。本刊于 2007 年创刊，双月刊，全球发行。主要刊登计算机科学领域具有创新性的综述论文、研究论文等。本刊主编为周志华教授，共同主编为熊璋教授。编委会及青年 AE 团队由国内外知名学者及优秀青年学者组成。本刊被 SCI、Ei、DBLP、INSPEC、SCOPUS 和中国科学引文数据库（CSCD）核心库等收录，为 CCF 推荐B类期刊；两次入选“中国科技期刊国际影响力提升计划”；入选“第4届中国国际化精品科技期刊”；两次入选“中国科技期刊卓越行动计划”（一期梯队、二期领军）。

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