作者:江庆龄 来源:中国科学院上海药物研究所 发布时间:2024/6/21 10:29:33
选择字号:
研究团队开发糖结合位点预测精准新算法

 

6月17日,中国科学院上海药物研究所研究员程曦、文留青等与临港实验室青年研究员王鼎言合作,通过开发基于深度学习模型的糖结合位点预测算法DeepGlycanSite,精准预测了蛋白质结构上的糖类结合位置,有助于解决糖类与蛋白质相互作用的难题。相关研究发表于《自然—通讯》。

糖类不仅为生物体提供能量供应和结构支撑,还通过调控生物大分子的功能,在免疫响应、细胞分化和神经发育等过程中发挥关键作用。由于糖类物质种类多样且结构复杂,实验鉴定蛋白质的糖类配体结合位点成本高、效率低,已有的小分子配体结合位点预测算法不适用于糖结合位点预测。开发精准高效的糖结合位点预测方法是糖科学领域的迫切需求。

研究团队设计了基于深度等变图神经网络的算法DeepGlycanSite,从用户提供的蛋白质结构中提取几何与进化信息,利用向量化表示和交互式信息传递机制深度挖掘特征关联性,以预测每个氨基酸位点结合糖的概率。该算法显著优于已有的结合位点预测算法,且能预测不同类型糖的结合位点。此外,DeepGlycanSite可以读取用户提供的糖分子化学结构信息,预测该糖分子的特异性结合位点。

DeepGlycansite网络架构。图片来源于《自然—通讯》

相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41467-024-49516-2

 
版权声明:凡本网注明“来源:中国科学报、科学网、科学新闻杂志”的所有作品,网站转载,请在正文上方注明来源和作者,且不得对内容作实质性改动;微信公众号、头条号等新媒体平台,转载请联系授权。邮箱:shouquan@stimes.cn。
 
 打印  发E-mail给: 
    
 
相关新闻 相关论文

图片新闻
野外回归的墨脱百合在原生地首次开花 科学家创有机小分子催化新纪录
科学家欲在脆弱冰川周围建屏障 7月福利!科学网APP论文&基金最新活动
>>更多
 
一周新闻排行
 
编辑部推荐博文