作者:李晨 金云翔 来源:中国科学报 发布时间:2022/3/23 14:50:08
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土壤微生物群落定量研究有了优化策略

 

近日,中国农业科学院农业资源与农业区划研究所植物营养团队研究提出土壤微生物群落定量研究优化策略。相关成果发表在《土壤生物学与生物化学》(Soil Biology & Biochemistry)上。

微生物群落的组成和功能在人类健康、全球元素循环、作物生长和植物抗病中发挥关键作用。随着高通量测序等技术的革命性突破,极大地增加了我们对微生物多样性、群落结构和物种组成的认识。然而,测序数据仅提供微生物群落的相对丰度变化,忽略了微生物绝对数量的变化规律。

针对高通量测序数据的这一缺陷,研究人员已经开发出多种微生物绝对丰度定量方法,例如,内参法(spike-AMP)、荧光定量法与高通量测序结合(qPCR-AMP)、流式细胞仪与高通量测序结合(FCM-AMP)等。但是,这些定量方法的普遍适用性和精确度目前尚不清楚。

据了解,该研究团队利用采自黑龙江海伦和海南三亚的两类差异较大的土壤样品,评估了土壤微生物研究中最常用的两种绝对定量方法内参法和荧光定量法与高通量测序结合的方法。结果表明:内参法在准确性、稳定性和工作量等方面没有显示出任何优势。相比之下,更常用的荧光定量法与高通量测序结合的方法对探究环境扰动对土壤微生物动力学的影响提供了有价值的见解。考虑其稳定性和技术可行性,荧光定量法与高通量测序结合方法可广泛应用于土壤微生物群落的定量研究。

该研究得到国家自然科学基金、中国科协青年托举计划等项目资助。

 
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