新型冠状病毒感染的肺炎疫情发生以来，以中国科学院（以下简称中科院）为代表的上海科技人员积极投入到防控疫情阻击战中，在流行病学研究、检测试剂研发和应急药物开发等领域启动了首批应急科技攻关项目。
中科院上海巴斯德研究所研究员郝沛、军事医学研究院国家应急防控药物工程技术研究中心研究员钟武和中科院分子植物卓越中心合成生物学重点实验室研究员李轩合作，为武汉新型冠状病毒的进化来源和传染人的机制给出了学术解释，为了解此次新型冠状病毒的起源、原生宿主，以及评估病毒在物种间或人类之间公共传播的风险迈出了重要一步。
此外，中科院上海巴斯德研究所与中科院生物安全大科学研究中心上海分部的研究显示，新型冠状病毒与SARS、MERS病毒有较大区别，该病毒可以认为是SARS冠状病毒的远亲，而绝非SARS冠状病毒的变种。研究还提示，病毒在发生人与人之间传播后可能开始产生突变，但这需要更多的病毒测序数据来证实。
中科院上海药物研究所发挥综合科技与人才优势，与上海科技大学等国内20多个课题组参与的联合应急攻关团队，利用前期冠状病毒研究以及抗SARS药物研究积累的经验，共同开展抗新型冠状病毒药物研究。此外，该所药物发现与设计中心党支部多位党员也奋战在抗击新型冠状病毒工作一线，开展抗新型肺炎药物先导化合物和候选药物发现工作。
医疗物资供需对接也是此次防控疫情阻击战的难题。为此，上海产业技术研究院下属平台“智能交通工程中心”在春节期间开发并发布了“新冠肺炎物资公益平台”，构建了全国各个省市的“需求清单一张图”，运用GIS（三位可视化应用）地图发布医疗物资及原材料需求，支持“物资类型”“城市区域”“发布时间”等多维度查询。
国家人类基因组南方研究中心与安龙基因协同推出“新型冠状病毒核酸检测试剂盒（荧光PCR法）”，同心协力抗击疫情。试剂盒采用一步RT-PCR结合实时荧光定量PCR检测方法，仅需90min即可对提取的血清RNA完成检测。目前，该试剂盒通过国家卫健委推荐给湖北武汉捐赠了10000人份，合肥市疾控捐赠300人份，该试剂盒在河北，河南，山东，湖北，内蒙部分地区展开发售。同时，通过高深度测序等技术，为新冠状病毒已构建好的基因文库提供测序检测和信息分析，对可能出现的基因变异和病毒适应性进行密切跟踪。
为了更好地服务健康人群，一大批科研人员投入到疫苗的研发工作中。目前，复旦大学教授姜世勃和美国纽约血液中心、贝勒医学院及得州大学学者组成的合作团队，正全力测试SARS疫苗对于新病毒的预防效果。
惊喜频频传来，同济大学生命科学与技术学院教授曹志伟团队与上海市公共卫生临床中心合作，发现 2019新型冠状病毒与SARS 病毒存在潜在交叉保护表位。研究人员对所有冠状病毒的S蛋白进行了系统性的结构模拟和免疫原性扫描，计算了新病毒与已知17种冠状病毒亚型之间的免疫原性距离，发现新病毒S蛋白的免疫原性总体上与SARS更为接近。
以此同时，同济大学附属东方医院转化医学平台与斯微（上海）生物科技有限公司合作，依托“上海张江国家自主创新示范区干细胞战略库与干细胞技术临床转化平台”课题子任务——mRNA合成平台成果，快速推动新型冠状病毒mRNA疫苗研发。近期，该项目已紧急完成立项备案。该项目负责人李航文表示，疫苗样品制作完成后，可以送国家指定机构开展抗新型冠状病毒活性测试，完成必要的审批后，可尽快推向临床。
防控疫情阻击战的战场争分夺秒，上海交通大学主动请缨，春节期间，19名医疗人员组成上海首批医疗队紧急驰援武汉，全力支援武汉开展医疗救治工作。上海市科委表示，接下来，将持续抓好国家重点项目和市级第一批应急科技项目实施，优化配置上海优势科技资源，认真谋划第二批应急攻关重点方向，适时启动攻关研究，为打赢这场疫情防控攻坚战贡献科技力量。
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