细心的媒体都嗅到了朱清时的变化。来到北京参加全国两会，朱清时委员变得爱笑了，他委婉地拒绝那些接二连三敲开他房门的记者，但并不是继续他大半年来的沉默，而是屋里的采访一秒钟都没有停过。
他甚至开始“理解”那些反对他的人——两会以来，他总是兴致勃勃地向近乎每一位采访他的记者讲述最近《人民日报》发表的一篇评论文章，题目叫做《
宁要微词不要危机》，每一次都笑得像个孩子：“我现在的心情，和这个一样。”
他开始去聆听大家对南科大的意见，也接受了自然会受到的批评、指责甚至是反对，“重要的是坚持下去，不要一遇到批评就把改革停下来。”
过去的两年多里，他曾无奈过：“我现在要做的事情是一流大学共有的元素，但是这个元素却很孤独。”今天的他已经看到了这种元素走向主流的迹象：美国《科学》杂志评出的2011年重大新闻事件中，3月的两件大事一是日本大地震及其造成的核泄漏危机，另一件便是中国第一个绕开高考录取的学校开学——朱清时执掌的南方科技大学在未经教育部批准的情况下，招收了45名只有高中二年级学历的学生，开始了“自主招生、自授文凭”的试验。“可见教育改革已经成为了主流，不仅是中国愿意看到这种尝试，世界也期望看到。”他说。
这种“共有的元素”在他看来是“教授治校”，他渴望“学校内部的是靠教授追求学术卓越的方式”来实现。对此，教育部副部长杜玉波也和他有过交流，“我和朱校长聊过，觉得说‘教授治学’更合适。”
记者追问朱清时对此的看法，他慢条斯理，声音低沉：“杜部长是我的领导，我不方便评论。”一向硬朗的他忽然变得“柔软”。
他坦承南科大现在最大的困难是“没有权，钱又不多”，很多优秀的管理者不愿到南科大来，而管理者正是“学校现在最需要的”。“我们要找的是愿意做一番事业的理想主义者。”
为了这番事业，朱清时放弃了“退休后在书斋里清清静静”的日子，大刀阔斧地举起高教改革的旗帜。刚刚过完66岁生日的他，不愿钱学森之问“再等个三十年”才有答案。这位带领中国科学技术大学坚持十年“不圈地、不扩招、不建新园区”的老校长放下“说一不二”的架子，为了45个孩子，悄悄地做了改变：“在中国的环境下，要能够忍耐、能够谈判，会有适当的妥协，所以办学是不可能采取强硬的态度的。”说这话的时候，他的脸上带着为难却真诚的微笑。
让他感到自豪的是，这些“甘做小白鼠”的孩子没有让他失望：“我们已经结束了一年的学习了，这一年来孩子们经历了很多，比如他们拒绝高考，还有个别同学退学，还经历了一些媒体的炒作，这些事情都使孩子们经历了风浪，但是过了一个学期以后就慢慢平静下来了。现在学生们的学习状态都很好，他们的成绩我很满意，其中至少有三分之一的学生可以跟全中国甚至全世界最好的大学里的学生比。”
被问起南科大刚刚接受的教育部的第二次审批和未来的招生计划，朱清时说：“现在还在等教育部的回复。”而在这之前，他带着学校走过了许多预见不到的困难。“比如南科大的学生春节期间买不到火车票，因为他们没有教育部认证的学生证，车站不卖给他们，更别提享受学生的优惠。经过一番周折，最后深圳市政府出面帮忙，学生才买到了回家的票。”他略皱起眉头对记者说：“你说这样的事过去谁能够想到呢？”
这段等待的日子里，每一位南科大人都在小心翼翼地维护着自己的改革“试验田”。登门造访南科大，门卫会拦下一切外人的“入侵”；采访南科大的任教老师也显得格外艰难：“不好意思，现在是敏感时期，不能接受关于南科大的任何采访，等过段时间再说，抱歉。”一位老师告诉记者。
在很多人心目中，朱清时是中科大的象征。可采访中，去追问那些在中科大与他共过事的人，很多都不知缘由地选择了缄默。一位在中科大读了10年书的博士生告诉记者：“最应该引起警惕的，就是在不理想的、甚至令人失望的现实中冒出所谓的光明前途的理想主义指引者。”她直言并不十分看好老校长的高教改革：“真正有建设性的人，势必是要懂得在理想与现实间妥协的。”
说这话的时候，她已经很久没有亲眼见到朱清时了。她或许不知，如今的他，比起两年前消瘦了许多，爱笑了许多，也多少有些从善如流了。
他开始苦口婆心地解释，为什么南科大一直以来坚持“自主招生、自授学位”。他不否认在中国现在的国情下高考的必要性，但他怕“一刀切”的形式使得那些有天赋、有特长的孩子无法找到一个发挥他们才能的渠道。“那不仅是他们个人的损失，更是国家和民族的损失。”
“但是他还可以选择像南科大这样的学校，即便不参加高考，也有接受高等教育的机会，只不过他可能要付出的代价就是没有国家统一发的学历和文凭。那么他要被社会认可，只有他的学校非常好，社会认可他的水平、认可南科大的教学水平，这样他才能找到工作。”
为中国的教育事业熬白了头的朱清时曾说过：“我们都是坐在火车里的人，突然发现火车走错方向了，但是这个时候谁也不敢跳车。”
“这一次如果火车走错了方向，你会跳下车来么？”
他答得谨慎却坚决：“改革，就是希望南科大不要再走错方向。作为改革实验学校，南科大的存在是为国家探索出一条正确的路来，让更多的大学沿着正确的路继续探索。现在讨论这个问题，还为时尚早。”
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