最近发布的《长江保护与发展报告2011》显示，近30年来长江流域消失面积在1平方公里以上的湖泊96个。来自我国第二次湖泊调查的最新数据显示，近50年来，我国消失的面积大于1平方公里的湖泊多达243个。
此次调查在科技部国家基础性工作专项支持下，由中科院南京地理与湖泊研究所牵头实施。这也是我国首次设立以掌握我国主要湖泊现状、完善中国湖泊数据库为目的的重大项目。
调查以2005年和2006年为基准年，进行湖泊数量、面积和分布现状的遥感调查，并开展了面积大于10平方公里主要淡水湖泊的水量、水质和生物资源系统调查。
“北方和西北干旱区湖泊水位下降和咸化碱化萎缩现象严重、青藏高原湖区湖泊水量与湖面波动剧烈、云贵高原湖泊生物多样性下降和水质降低明显、东部平原湖泊调蓄能力下降和水体富营养化问题突出。”中科院南京地理与湖泊研究所所长杨桂山如此评价我国湖泊总体变化态势。
湖泊的变化给生物多样性也带来了重大影响。最具代表性的是，长江流域多数湖泊土著鱼类受外来物种入侵、江湖阻隔和过捕滥捞等因素影响而濒危。
杨桂山举例说，滇池在20世纪50年代记载有土著鱼类26种，到2000年后分布于湖体的仅有4种，在2007—2010年的两次调查中仅发现1种。同样，在云南的泸沽湖，原来有4种土著鱼类，但引进外来鱼类后，在2007—2008年两次调查中仅发现1种。据调查数据对比分析，作为我国第三大淡水湖的太湖，鱼类资源种类由20世纪60年代的106种下降到目前60—70种，洄游性鱼类几乎绝迹。
水生植物多样性也显著下降。以滇池为例，20世纪50年代记载水生植物100余种，最近的两次调查发现19种，约80%的种类消失。其余湖泊水生植物种类数也存在不同程度的减少。
如今，人们主要通过控制陆源污染、湖泊底泥清淤、调水引流和生态修复等措施来治理湖泊环境。但杨桂山特别强调，对湖泊治理需要科学和长远的认识，需要短期治标和长期治本相结合，在逐步控制流域点源与面源污染问题后，从流域整体角度对湖泊—流域实施一体化综合管理。
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