学术违规轻则给予训诫或者警告、记过、记大过等行政处分，重则解除聘任；研究生学术违规指导教师负连带责任的，也将给予相应处罚。新学期伊始，南京大学出台《科学研究规范与学风建设管理办法(试行)》，进一步加强学风建设的制度化、规范化要求。
近年来，由于诸多因素的影响，学术界面临着学风浮躁、学术失范和学术腐败等现象的严峻挑战，南京大学将加强学风建设作为一项重要工作在全校推开。
今年5月16日，南京大学化学化工学院全体研究生发出《坚守学术道德，弘扬优良风气》倡议书，在全校学生中倡导拒斥急功近利，抵御短视浮躁；坚守学术道德，恪守学术规范；倡导学术平等，崇尚学术自由；树立担当意识，追求科学理性。该校商学院本科生党员也发出了“考出真才实学、考出诚信风格”的倡议，并制作警示板、制定《考试纪律》，分发至各个学生宿舍。
新学期开学前夕，该校16位院士和12位文科知名学者联名发出《守护学术良知抵制学术不端——致全体教师的倡议书》，倡导“守护学术良知，担当学术道义；崇尚严谨治学，力拒学术泡沫；尊重学术规范，捍卫学术尊严；开展学术批评，推进学术繁荣”，“甘于寂寞，克除功利，摒除粗制滥造、低水平重复，努力为社会奉献学术精品”。倡议书一发出就在全校范围内引起强烈反响，尤其在校园网络上得到广大师生的积极响应。在南京大学小百合BBS上，该倡议书连续多日被顶为今日十大热门话题第一位，短期内浏览人数超过3万。各院系、各专业的教师纷纷表示将按照倡议书的要求查找差距，以更加严谨、科学、求实的态度投入到新学期工作中。网友xiaodeng特别强调：“不仅老师们注意，学生也是如此！应该的，必须的！”
在营造舆论氛围、激发内心自觉的同时，南京大学还将学风监督体系制度化、规范化。经师生员工代表、职能部门负责人、相关专业知名学者和校领导的层层商讨，新学期伊始，该校出台了修订后的《南京大学科学研究规范与学风建设管理办法(试行)》，对科研行为规范、管理机构、查处程序、处罚作了明确规定，详细列举了相关科学研究从基金申请到专利认证过程中可能出现的违规现象，并具体规定了各类违规现象的处理办法，做到有章可循、查处有据。对于有违规行为的教职工，该校明确“由校学术委员会根据其情节、后果等因素”，向相关部门、机构建议给予相应处理，轻则给予训诫或者警告、记过、记大过等行政处分，重则“解除聘任”。同时，“学位论文被认定为有违反本管理办法行为的研究生指导教师负有连带责任的，根据情节、后果等因素”，也将给予相应处罚。
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