作者:欧阳维枝 来源: 中国科学报 发布时间:2020-11-17
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新技术体系成功应用于植物三维基因组学研究

 

本报讯 11月14日,华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室教授李兴旺和李国亮课题组受邀在《植物科学趋势》在线发表了综述文章。

三维基因组学是基因组学研究的热点前沿领域之一。目前,以人类细胞系和动物细胞为研究对象,生物学家已经开发了很多高通量的三维基因组学研究技术。其中一些技术体系已经成功应用于植物三维基因组学研究。

李兴旺和李国亮课题组致力于三维基因组学和表观基因组学研究。前期,他们以人类细胞系和动物细胞为研究材料,先后开发了Long-read ChIA-PET和DLO Hi-C两项技术体系。2019年,他们首次在玉米和水稻中建立Long-read ChIA-PET技术体系,并描绘了玉米和水稻的三维基因组图谱。2020年,他们又用DLO Hi-C技术描绘了玉米雌雄穗的三维基因组图谱。

这篇综述文章介绍了植物三维基因组学的研究技术。他们首先介绍了3C、Hi-C、in situ Hi-C、DLO Hi-C、ChIA-PET和HiChIP等应用于植物三维基因组学研究的技术,阐述了如何应用这些技术解析植物基因组的三维结构,并特别关注了ChIA-PET和Hi-ChIP检测的染色质环结构。文章还提出目前植物三维基因组学研究技术的优势以及面临的挑战,对未来植物三维基因组学技术的开发以及三维基因组结构的解析具有启示意义。(欧阳维枝)

相关论文信息:https://doi.org/10.1016/j.tplants.2020.10.007

《中国科学报》 (2020-11-17 第3版 农业科技)
 
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