作者:Jay Shendure 来源:《基因组研究》 发布时间:2012-4-10 15:01:04
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新方法让甲基化分析不再受限于材料
 
对于基因组水平的DNA甲基化研究,您有好几种方法可以选择,比如,全基因组亚硫酸氢盐测序。这种方法带来了高分辨率且全面的甲基化模式检测,但它需要大量的起始材料。在构建文库时,通常需要5μg以上的基因组DNA。因此,对于起始材料有限的样本,这种甲基化分析方法不适用。
 
相比之下,低代表性的亚硫酸氢盐测序需要的起始DNA要少一些,但同时牺牲了全面性。与分析整个基因组不同,这种方法聚焦于基因组的特定区域。而对于癌症和发育等领域的研究人员来说,起始材料往往有限,这也就限制了分析方法的选择。
 
为此,华盛顿大学的Jay Shendure和Andrew Adey开发出一种新的亚硫酸氢盐测序方法,综合了上述方法的优势。他们的方法仅需1ng起始DNA,但仍然能提供全基因组DNA甲基化模式的全面分析。他们的秘诀在于文库构建方法,这种称为“tagmentation”的方法比连接法更高效。
 
在上周的《基因组研究》(Genome Research)上,他们介绍了一种基于tagmentation的全基因组亚硫酸氢盐测序方法。新方法利用Tn5转座子将DNA片段化,并同时掺入接头。与连接方法相比,转座子方法更加高效,也减少了所需的DNA起始量。
 
之前,Jay Shendure曾与华大基因合作,开发出一种类似的基于tagmentation的文库构建方法,用于基因组测序。他们发现,即使这种方法使用了较少的DNA,但仍能提供相当的覆盖度。
 
研究人员对之前的方法进行了改进。他们首先用带有单个甲基化接头的转座子攻击基因组DNA。之后他们采用寡核苷酸置换策略,通过退火添加第二个甲基化的接头,并开展缺口修复。这使得每条链的5’和3’端都有接头。之后再开展亚硫酸氢盐处理,将未甲基化的胞嘧啶转化成尿嘧啶。
 
为了检验转座子文库制备,研究人员用转座法和连接法分析了一个淋巴母细胞系,当然,起始样本量不同。结果,他们发现,即使起始材料相差很大,但两种方法是相对一致的。
 
作者认为,这种方法为样品量有限的表观遗传学研究人员提供了一个新选择,比如癌症的甲基化研究。此外,他们还计划进一步优化方法,尝试使用更少的样品量。(来源:生物通 薄荷)
 
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