作者:鲁伟 范敬群 胡今天 来源:科学网 www.sciencenet.cn 发布时间:2012-3-22 16:25:17
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华中农业大学绘出最完整甜橙全基因组序列图谱
 
3月21日,甜橙全基因组序列图谱在华中农业大学宣告完成。因测序拼接后的序列覆盖87%的柑橘基因组,该图谱成为目前国际上最完整的甜橙基因组序列图谱,同时也是我国自主完成的首个果树作物基因组序列图谱。
 
据了解,此次对外公布的甜橙全基因组序列图谱,由华中农业大学园艺学、基因组学、生物信息学等学科的20余名科研人员,经过一年多的努力绘制而成。
 
甜橙有9对染色体,基因组大小为367M。研究人员采用全基因组鸟枪法(WGS)策略,分别构建不同插入片段长度的文库,进行双末端测序,得到数据总量约为200Gp,并引入RNA-PET技术对基因转录产物注释,获得注释的基因近3万个。通过比较发现,甜橙和葡萄、草莓的共有基因分别为81%和83%,且甜橙基因组中有51%的基因位点处于杂合状态。
 
据中国工程院院士、华中农业大学邓秀新教授介绍,国际柑橘基因组计划于2003年启动,2011年1月释放了克里曼丁橘的基因组草图,由于用杂合体做测序材料,拼接效果并不理想。目前,华中农业大学已建成甜橙基因组网站(http://citrus.hzau.edu.cn),旨在与全球学者共享该基因组序列图谱。
 
柑橘是世界重要的果树之一,而甜橙是世界第一大柑橘类型,其产量占全世界柑橘产量的60%左右。中国是世界上重要的柑橘原生中心,有4000余年栽培历史。2010年,我国柑橘总产量2645万吨,种植面积为221万公顷,成为世界柑橘第一生产大国。
 
邓秀新表示,甜橙基因组的完成,将为国内外同行研究芸香科(柑橘)的特殊生物学性状、功能基因组提供重要平台。同时,对于果实包括色、香、味、成熟期等重要性状基因的发掘及品种改良具有重要意义。
 
 
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