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中国科学技术大学等 |
新研究实现亿原子级拉曼光谱量子力学模拟 |
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本报讯(记者王敏)中国科学技术大学教授商红慧、杨金龙团队与中国科学院计算技术研究所高级工程师刘颖、华东师范大学教授何晓等团队合作,实现了亿原子级拉曼光谱量子力学模拟。该成果成功入围2024年“戈登贝尔奖”。
“戈登贝尔奖”是国际高性能计算应用领域最高奖,由美国计算机协会颁发,旨在表彰世界范围内高性能计算的杰出成就,尤其是高性能计算应用于科学、工程和大规模数据分析领域的创新工作。
拉曼光谱是研究分子结构的重要工具,被广泛应用于药物开发、疾病诊断等领域,然而拉曼光谱量子模拟计算量巨大。此前的拉曼光谱量子模拟仅能处理数千原子的小体系。
在上述研究中,联合团队在算法设计和工程技术方面进行了多项创新,开发了一款QF-RAMAN程序,首次实现了包含1亿多原子的新冠病毒刺突蛋白在水溶液中的拉曼光谱量子模拟,与以往工作相比实现了4至5个数量级的提升。此外,QF-RAMAN程序设计了弹性任务卸载技术,通过小规模运算的灵活聚合,大幅提高异构加速器的硬件利用率。同时,该程序采用OpenCL通用异构并行计算框架,能在不同硬件架构的超级计算机上,借助OpenCL编译工具链实现跨平台运行。在此基础上,团队提出了适用于亿级原子体系的矩阵方程求解拉曼光谱的新算法,有效解决了大规模量子力学拉曼模拟中的关键技术难题。
该研究表明,量子力学模拟可以扩展到前所未有的规模,为高性能计算与科学研究的深度融合奠定了坚实的技术基础,推动生物分子高阶量子力学物理性质模拟研究进入新阶段,为理解复杂生物系统开辟了新途径。
相关论文信息:
https://doi.org/10.1109/SC41406.2024.00011
《中国科学报》 (2025-01-02 第3版 综合)