黄瓜参考基因组“9930”（左）和核心种质资源。图片来源：中国农业科学院蔬菜花卉研究所

本报讯（记者李晨）近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队在黄瓜基因组学方面取得重要进展，首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表于《分子植物》。

黄瓜是葫芦科的重要经济蔬菜作物。黄瓜基因组中有近30%的区域是由大片段复杂重复序列组成的，这个比例远高于水稻、玉米等作物。受测序技术及组装方法的限制，目前广泛使用的华北密刺型黄瓜自交系“9930”参考基因组仍有大量未知序列缺口。与此同时，这些重复序列严重影响了基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

此次，研究人员获得了仅剩1个缺口的黄瓜参考基因组近完成图。基于大规模三代全长和二代转录组数据，他们构建了接近完整的黄瓜参考转录本数据集。通过整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，他们搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库Cucumber-DB，为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供了全面的共享平台。

相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.molp.2024.06.012