半野生型甜瓜821表型。中国农科院供图

本报讯（记者李晨）中国农科院郑州果树研究所甜瓜遗传育种与栽培团队和中国农业大学研究人员合作，成功组装首个半野生型单倍型甜瓜T2T基因组。相关研究近日发表于《园艺学研究》。

甜瓜是十大水果之一，分为薄皮甜瓜和厚皮甜瓜两个亚种，多样性丰富。长期的人工选择导致了严重的甜瓜驯化瓶颈，栽培品种的遗传多样性显著低于野生种。当前公开的甜瓜基因组均是栽培类型，在一定程度上限制了对甜瓜抗性基因及性状相关关键变异的挖掘。

甜瓜821是来自印度的半野生种，对甜瓜新德里花叶病毒等多种病害具有抗性。该研究完成了其自交系两个单倍型T2T基因组的组装，大小分别为373Mb和364Mb，包含27685和27258个蛋白编码基因。

通过基因组比较，研究人员发现，在11号染色体内基因存在拷贝数变异，其中存在2个自噬基因可能与甜瓜新德里花叶病毒抗性显著相关。另外，该甜瓜种内存在呼吸跃变和非呼吸跃变类型，是研究果实成熟的理想材料。

基于甜瓜821的T2T基因组，研究人员通过全基因组关联分析检测到1个与果实成熟相关的显著信号，并鉴定出候选基因CmABA2，其编码一个细胞质短链脱氢酶，参与脱落酸的生物合成。

该研究提供了高质量半野生的甜瓜T2T基因组，对于挖掘甜瓜抗性相关基因及其性状改良具有重要意义。

相关论文信息：https://doi.org/10.1093/hr/uhad182