来源: 中国科学报 发布时间:2022-8-17
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《自然—方法学》

科学家利用冷冻电镜图估算蛋白质中氨基酸残基质量

美国普渡大学Daisuke Kihara课题组的最新研究利用冷冻电镜图完成了对蛋白质模型中残基局部质量的估计。相关论文8月11日发表于《自然—方法学》。

研究人员研发了一种方法,可识别冷冻电镜图中氨基酸残基的潜在错误分配,包括沿其他正确主链轨迹的残基移位。该算法名为DAQ,可计算局部密度对应于不同氨基酸、原子和二级结构的可能性,通过深度学习评估蛋白质结构模型中氨基酸分配与该算法评估的一致性。当DAQ应用于蛋白质数据库中源自相同密度图的不同模型结构时,在较新版本的模型中观察到DAQ得分明显提高。DAQ还可以在冷冻电镜图的大量沉积蛋白质结构模型中发现潜在的错误分配。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41592-022-01574-4

《自然》

截断FGFR2成多种癌症临床可成药癌基因

荷兰癌症研究所Jos Jonkers等研究人员合作发现,截断的FGFR2是多种癌症中一个临床可成药的癌基因。相关成果近日在线发表于《自然》。

研究人员应用基于转座子的筛选和小鼠肿瘤模型,发现Fgfr2的第18外显子截断(E18)是一个强大的驱动突变。人类肿瘤基因组数据集显示了一系列不同的FGFR2改变,包括重排、E1-E17部分扩增、E18无义和框移突变,每一种都会导致E18截断的FGFR2(FGFR2ΔE18)的转录。对FGFR2ΔE18和全长变体的体外和体内功能筛查表明FGFR2-E18截断是癌症的单一驱动改变。相比之下,FGFR2全长扩增的致癌能力取决于合作驱动基因的独特状态。这表明,产生稳定的FGFR2ΔE18变体的基因组改变是可成药的治疗靶标,研究人员在临床前小鼠和人类肿瘤模型以及临床试验中证实了这一点。研究人员认为,含有任何截断E18的FGFR2变体的癌症都应考虑采用FGFR靶向治疗。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41586-022-05066-5

研究揭示良性和恶性组织中空间分辨率克隆拷贝数改变

近日,瑞典皇家理工学院Joakim Lundeberg、英国牛津大学Alastair D. Lamb等研究人员合作,揭示良性和恶性组织中空间分辨率的克隆拷贝数改变。该研究日前发表于《自然》。

研究人员使用一种系统的方法研究了原位的空间基因组完整性,并描述了以前未发现的克隆关系。研究人员使用空间分辨率的转录组学来推断跨越多个器官、良性和恶性组织的大于120000个区域的空间拷贝数变化。通过以前列腺为重点的器官范围的方法,研究人员表明,全基因组拷贝数变异揭示出肿瘤内和附近的良性组织中不同的克隆模式。这些结果提出了一个模型,说明基因组不稳定性是如何在组织学上的良性组织中产生的,这可能代表了癌症进化的早期事件。

相关论文信息:

https://doi.org/10.1038/s41586-022-05023-2

《中国科学报》 (2022-08-17 第2版 国际)
 
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