《细胞》

重复元件重组产生人类基因组体细胞复杂性

日本理化学研究所Piero Carninci、Giovanni Pascarella等研究人员合作发现，重复元件的重组产生人类基因组中的体细胞复杂性。这一研究成果7月25日在线发表于《细胞》。

研究人员将重复元件的短和长DNA读数测序与一个新的生物信息学管道结合起来，进而发现Alu和L1元件的体细胞重组在人类基因组中是广泛存在的。

这些分析发现了组织特异性的非平行同源重组特征；此外，研究人员发现中心粒和癌症相关基因富含可能作为重组热点的逆转录元件。研究人员比较了人类诱导的多能干细胞和分化的神经元的重组概况，发现神经元特异性的重复元件重组伴随着细胞命运决定期间的染色质变化。

最后，研究人员报告了体细胞重组图谱在帕金森病和阿尔茨海默病中的改变，并表明在神经变性中逆转录元件重组和基因组不稳定性之间存在联系。这项工作强调了重复元件的体细胞重组对健康和疾病的基因组多样性的重要贡献。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1016/j.cell.2022.06.032

《新英格兰医学杂志》

种系突变可有效预防肝脏疾病

美国再生元制药公司Luca A. Lotta团队研究了CIDEB的种系突变与肝脏疾病预防的相关性。7月27日出版的《新英格兰医学杂志》发表了这项成果。

在数十万人中进行外显子组测序可以识别与预防人类疾病（如肝硬化）相关的罕见蛋白质编码基因变体，从而为发现新的治疗靶点提供策略。研究组进行了多阶段外显子组测序和遗传关联分析，以确定罕见蛋白质编码变异与肝脏表型相关的基因。他们进行了体外实验以进一步表征相关性。

多阶段分析涉及542904名有肝转氨酶水平可用数据的参与者、24944名不同类型肝病患者和490636名无肝病对照者。研究组发现载脂蛋白B、ABCB4、SLC30A10和TM6SF2中的罕见编码变异与转氨酶水平升高和肝病风险增加有关。同时还发现编码肝脂滴中结构蛋白的CIDEB变体具有保护作用。

CIDEB中罕见的预测功能丧失变体和错义变体的负担（组合载频，0.7%）与丙氨酸氨基转移酶水平降低（每等位基因β降低1.24 U/L） 和全因肝病风险降低33%（每个等位基因的风险比为0.67）显著相关。

研究结果表明，CIDEB中罕见的种系突变为肝脏疾病提供了实质性保护。

相关论文信息：https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2117872

《免疫》

肺成纤维细胞重塑局部免疫微环境

美国杰克逊实验室Guangwen Ren研究组发现，肺成纤维细胞通过重塑局部免疫微环境促进转移前微环境的形成。相关论文近日在线发表于《免疫》。

通过单细胞RNA测序和免疫荧光，研究人员确定了一个表达环氧化酶2（COX-2）的肺成纤维细胞群体重塑了肺部免疫微环境。在稳定状态下，肺部的成纤维细胞产生前列腺素E2（PGE2），从而驱动功能失调的树突状细胞（DC）和抑制性单核细胞。这种肺内基质程序被肿瘤相关的炎症，特别是促炎症细胞因子白细胞介素—1β所传播，从而支持了一个转移前的微环境。成纤维细胞中Ptgs2（编码COX-2）的基因敲除足以逆转驻肺骨髓细胞的免疫抑制表型，从而在多种乳腺癌模型中提高了免疫激活度并减少了肺转移。

此外，纤维细胞特异性Ptgs2缺失或PGE2受体EP2和EP4的双重抑制使基于DC的治疗和PD-1阻断的抗转移活性得到改善。总的来说，肺驻留的成纤维细胞重塑了局部的免疫环境，并促进了乳腺癌的转移。

相关论文信息：https://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(22)00334-X

《自然—化学》

未结合吡啶单体中环境光诱导的分子间库仑衰减

印度马德拉斯理工学院Aravind G.团队揭示了未结合吡啶单体中环境光诱导的分子间库仑衰减。相关研究成果近日发表于《自然—化学》。

分子间库仑衰减（ICD）是光激发分子通过电离其相邻分子而松弛的过程。当分子间相互作用活跃时，ICD是有效的，因此它只在弱束缚系统中观察到，如团簇和氢键系统。

研究人员报告了在环境光强度下激发的未结合分子之间的有效ICD。在气相吡啶单体的光激发下，在远低于电离阈值和低激光强度下，检测到母体阳离子和比母体阳离子重的阳离子。慢电子的各向同性发射揭示了ICD是潜在的过程。在无界吡啶单体中的π-π*激发触发了它们之间的缔合相互作用，这导致了高效的三中心ICD。

这种在环境光下低于阈值的电离对于理解辐射损伤和天体化学有着重要意义。

相关论文信息：https://www.nature.com/articles/s41557-022-01002-2