作者:陈子华等 来源:《临床与转化医学》 发布时间:2023/12/21 14:09:32
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单细胞测序有望揭示胃癌异质性

 

中南大学湘雅医院胃肠外科/湖南省胃肠肿瘤诊断治疗精准实验室教授陈子华科研团队对胃癌样本的单细胞RNA联合单细胞TCR测序数据进行分析,在单细胞分辨率下定义胃癌瘤内异质性并探索相关的肿瘤恶性特征,发现单细胞测序有望揭示胃癌异质性。

近日,该成果发表在Clinical and Translational Medicine上,湘雅医院胃肠外科教授刘合利为共同通讯作者,副教授葛杰为论文第一作者,湘雅医院为第一单位和唯一通讯单位。

胃癌在我国的发病率和死亡率高居全部恶性肿瘤的第三位,我国的胃癌患者具有分期晚、肿瘤负荷大、异质性强、预后不良等特点,目前的表型分类如Lauren分型和WHO分型在指导治疗决策方面缺乏精确性,肿瘤内异质性(ITH)是精准诊疗面对的主要挑战之一。该研究对未经治疗的胃腺癌样本的单细胞转录组和TCR测序数据进行分析,探索单细胞水平的瘤内异质性与预后和肿瘤微环境(TME)的关系。

研究通过inferCNV鉴定出恶性上皮细胞并对癌细胞转录组的成对相似性进行评估,揭示了患者之间明显的ITH差异;根据ITH评分将患者分为ITH-H和ITH-L两组,并验证了ITH-H肿瘤包括多个上皮细胞群,而ITH-L肿瘤则相反。结果显示,ITH-H组癌细胞在CNV、增殖和缺氧方面均高于ITH-L组,且伴随VEGFA表达升高,揭示存在缺氧驱动的血管生成。ITH-H和ITH-L组间的差异表达基因分析确定了ITH标记物,通过ssGSEA计算TCGA-STAD数据的ITH标记物评分,并同样分为ITH-H和ITH-L两组,验证了单细胞数据中的发现。

有趣的是,研究者通过比较ITH-H和ITH-L组间作为免疫检查点的功能受体-配体对,当分析上皮细胞与其他细胞群之间的相互作用时,PDCD1与其配体之间没有显著的相互作用,这表明抗PD1/PDL1治疗可能不适用于某些胃癌。此外,研究者在ITH-H肿瘤中观察到PVR及其受体的显著相互作用,还观察到ITH-H组中PVR+癌细胞相较于ITH-L组富集。考虑到激活的CD8 T细胞和NK细胞,以及它们通过PVR-TIGIT和PVR-CD226相互作用与癌细胞互动,推测抗PVR/TIGIT治疗可能对ITH较高的胃癌患者起效。

据介绍,该研究利用基于单细胞转录组相似性的新型评分方法,将胃癌分为不同的ITH组,并全面分析了相关的TME特征,表明ITH可作为提示复发的预后标志物。ITH-H肿瘤中富集的免疫抑制特征,如M2巨噬细胞极化、T细胞衰竭以及某些免疫检查点分子之间的相互作用,为胃癌精准免疫治疗策略提供了有益见解。(来源:中国科学报 王昊昊 严丽)

相关论文信息:https://doi.org/10.1002/ctm2.1490

 
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