作者:刘琦等 来源:《核酸研究》 发布时间:2023/10/27 15:11:10
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新平台助力植物核糖核酸修饰研究获进展

 

广东省农业科学院水稻研究所研究员刘琦团队联合中国林业科学研究院副研究员丁昌俊团队、四川大学教授曹毅团队在植物核糖核酸(RNA)修饰数据库平台助力植物RNA修饰研究方面取得新进展。近日,相关成果在线发表于《核酸研究》。

近年来,模式植物系统中RNA修饰的范围和功能已成为研究的热点,然而,目前缺乏一个数据库平台能够对植物RNA修饰及其相关调控数据进行全面挖掘、注释和可视化。

研究团队通过收集、整理和分析20种植物物种RNA大数据,开发了植物RNA修饰综合数据库(PRMD)。研究人员表示,PRMD对用户完全免费开放,后续版本中将进一步添加和完善不同植物物种的不同种类RNA修饰数据。

PRMD 数据库流程图。研究团队 供图

据介绍,该数据库不仅提供了一种直观显示信息的届面,还提供了RMlevelDiff、RMplantVar、RNAmodNet和Blast等多种可视化和功能分析工具,并且通过mRNAbrowse、RNAlollipop、JBrowse和Integrative Genomics Viewer等可视化届面能清晰显示相关的分析和统计结果。同时,研究团队利用数据库对水稻驯化中RNA的修饰作用进行了深入探讨。

上述研究得到广东省农业科学院生物育种中心协同创新项目、国家自然科学基金以及林木遗传育种国家重点研发项目等项目的资助。(来源:中国科学报 朱汉斌)

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gkad851

 
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