腐烂茎线虫（Ditylenchus destructor）能够侵染马铃薯、甘薯、大蒜、当归等120余种作物而使其致病甚至死亡，其中对马铃薯、甘薯等薯类作物的危害尤为严重，由腐烂茎线虫导致的甘薯茎线虫病更是我国北方薯区的三大病害之一。但是，腐烂茎线虫作为一类重要的植物检疫性有害生物，目前对其致病机理的研究仍十分有限，生产上缺乏安全高效的病害防控措施。

近日，陕西省生物农业研究所联合中国农业科学院植物保护研究所、榆林市农业科学研究院等单位在Nature旗下学术期刊《科学数据》（Scientific Data）上在线发表破译首个染色体水平的腐烂茎线虫基因组的研究结果，为进一步解析腐烂茎线虫致病机理、开发病害防控新策略奠定了基础。

该项研究利用Illumina测序、PacBio测序和Hi-C辅助组装技术，结合RNA-seq数据，获得了大小为133.86 Mb的腐烂茎线虫基因组，其中129.51 Mb（占基因组的96.74%）被成功锚定在4条假染色体（pseudo-chromosome）上，Scaffold N50为32.25 Mb，首次实现了腐烂茎线虫基因组的染色体水平组装。该研究共注释获得19,165个蛋白编码基因，其中18,444个基因（占全部蛋白编码基因的96.24%）具有功能注释。该基因组BUSCO评分为73.8%，显著高于目前已公布的其他植物线虫基因组。

上述相关研究结果为进一步解析腐烂茎线虫致病机理与制定病害防控策略提供了高质量的基因组数据资源。

陕西省生物农业研究所杨艺炜助理研究员为本文第一作者，常青副研究员为通讯作者。      

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                               腐烂茎线虫基因组Hi-C与Circos圈图。论文作者提供

文章相关信息：https://www.nature.com/articles/s41597-024-04293-x#:~:text=Herein%2C%20we%20combined%20Illumina%20short%20reads%2C%20PacBio%20long,a%20chromosome-scale%20reference%20genome%20assembly%20for%20D.%20destructor.