近日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心）刘永鑫团队推出全新开源工具EasyAmplicon第2版，新版本在保留短读扩增子分析功能基础上，全面支持第三代全长扩增子测序数据分析，并优化了可视化功能，为微生物分类和定量研究提供更简单、易用的分析环境，现已免费开放使用。相关研究成果发表在《先进科学》（Advanced Science）上。

扩增子测序是解析微生物群落多样性的关键技术。传统短读测序仅覆盖基因片段，分辨率有限。长读长测序技术可获取全长基因序列，可提供高分辨率，但缺乏标准化分析流程。

为此，研究团队开发了适用于全长微生物组扩增子测序的分析流程，EasyAmplicon 2.0通过Shell和Snakemake实现自动化分析，涵盖质控、去噪、分类注释等步骤，支持SILVA、GTDB等主流数据库，并可生成30余种可视化图表。

测试显示，在双核处理器环境下，该工具2小时内即可完成2万条读长的样本分析，适用于从探索性研究到大规模队列的全流程需求。

该研究得到国家自然科学基金、中国农科院创新工程等项目资助。

相关论文信息：https://doi.org/10.1002/advs.202512447