作者:张梦然 来源:科技日报 发布时间:2023/4/4 11:01:29
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病原体构建的“生命之树”问世

 

科技日报北京4月3日电 (记者张梦然)美国北卡罗来纳州立大学开发出全球首个用于植物病原体的新在线工具,将帮助研究人员识别、检测和监测疫霉属物种,这些“植物破坏者”病害造成了1840年代毁灭性的爱尔兰马铃薯饥荒,以及目前仍在美国西海岸蔓延的橡树群体性死亡。研究发表在最新一期《公共科学图书馆·综合》上。

疫霉属第一个物种于1876年得到描述和命名。疫霉存在于空气、土壤和水中,可导致粮食作物、观赏植物和树木患病。自2000年以来,研究人员已经确定了大约150种新的疫霉属物种。这是一个异常大量的植物病原体物种,许多疫霉属物种具有广泛的宿主范围,因此它们可在更广泛的区域“移动”。

此次构建的“生命之树”提供了关于超过192个正式描述的物种中的大量信息,包括它们的进化历史和群体内的关系,以及30多个其他非正式描述的分类单元。它还包括来自每个物种的遗传蓝图或基因组上多个位置的基因序列数据。其他重要数据包括每个物种的全球位置、承载病原体的植物以及病原体在其植物宿主之中或之上的位置。

患病的植物就如同“沉默的病人”,但这一基于树的比对选择器(T-BAS)工具包,将所有已知的疫霉属物种放入活的“生命之树”中,还可将新出现的威胁物种放入开放获取树中,并查看哪些群体正在扩大和进化。新工具将使研究人员能够实时更新植物病害信息。

研究人员表示,预防疾病暴发的真正关键是在暴发之前抓住信号。T-BAS可用作疾病监测和确定可能出现的下一个新谱系的工具。

 
 
 
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