作者:李晨 马昕怡 来源:中国科学报 发布时间:2023/2/24 19:46:50
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植物线粒体基因组组装新工具研发成功

 

近日,中国农业科学院深圳农业基因组研究所绿色轻简超级稻遗传解析与分子育种创新团队开发出一套新型植物线粒体基因组组装工具GSAT。该工具能够快速组装图形化植物线粒体基因组,更好地评估其泛结构信息,为植物线粒体基因组的进化和功能研究奠定了重要基础。相关研究成果发表在《生物信息学简报》Briefing in Bioinformatics上。

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植物线粒体基因组分子结构各异,包括环状、线状、分枝状等,然而现有工具往往只能生成一个或多个环状形式的组装结果,难以完整反映其原有结构信息。

为解决这一问题,研究人员提出了图形化线粒体基因组的组装形式,并开发了相应的组装工具GSAT(下载地址:https://github.com/hwc2021/GSAT)。GSAT能够利用二、三代高通量基因组测序数据,通过图形化比对策略快速组装获得植物的图形化线粒体基因组。

借助GSAT工具,研究人员组装得到水稻和拟南芥的线粒体基因组主图。基因组测序数据进一步支持了线粒体基因组主图中的多种主要结构,展示了线粒体DNA分子的结构多样性。研究结果表明,GSAT有望成为植物图形化线粒体基因组组装的标准流程,为探明植物线粒体基因组的结构变异和功能进化规律提供有力工具。

该研究得到了国家自然科学基金、深圳市科学技术创新委员会、中国农业科学院青年英才项目的支持。

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/bib/bbac522

 
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