要打破目前中国科研产出有数量奇迹、少质量惊喜的困局，必须建立起以学术创新为宗旨的课题申请和科研经费分配制度。
日前，我国学者施一公和饶毅在《科学》杂志撰文指出：尽管近年来中国科研经费持续高速增长，但现行的科研经费分配体制在某种程度上阻碍了中国创新能力的发展。
在巨大科研投入的保障下，我国获得了相当可观的科研产出。从数量上看，1990年，我国大陆只有几千篇SCI论文；到2008年，SCI论文数超过10万篇，跃升世界前列，EI论文数在2007年更是位列世界第一。然而，在数量繁荣的表象下，却潜伏着质量的危机。
诚然，中国近年来发表的高引用率论文数以及在国际著名期刊发表论文的数量都呈增长趋势。然而，我国与世界科技强国的差距不在于SCI论文的数量，也不在于高被引论文的数量，而在于缺乏世界级别的重大原创性成果，缺乏世界一流的顶尖科学家。在科研成果方面，中国自人工合成胰岛素以来就鲜有世界级的科学突破。
世界上的重大科学创新大多是自由探索的结果。但自由探索的研究项目往往具有基础性和前瞻性，其应用价值不易在短期内显现。在科研导向上，我国的科技政策长期以应用价值为旨归，基础研究得不到应有的重视。很多从事数学、物理、历史等基础学科研究的青年学者待遇偏低，生活压力迫使其无法安心科研。对于这些青年学者，应配备一定的科研业务经费，鼓励其从事自由探索。
在课题设置上，我国的自由申报课题数量虽多，但资助额度一般不高，重大课题通常采取自上而下的设定机制，与自由探索的宗旨背道而驰。在当前的科研经费分配体制中，科技管理者、院士、学科评议组成员、资深教授等在研究课题设置和科研经费分配的过程中享有主导话语权，接近学术前沿并具有创新意识的青年学者反而没有发言权。要充分激励学者们的自由探索精神，必须打破一小部分人在科研课题设定和经费分配上的绝对权力，避免由少数人制定的“课题指南”主导未来的科学发展方向。
在项目评审上，尽管同行评议这一原则在项目评审中被广为采用，但人情因素的干扰仍然无所不在，在应用研究和开发等领域更是如此。不少海归学者都反映，回国之后，不得不花大量时间用于拉关系、搞公关。这导致了施一公和饶毅在上述文章中所提到的结果：“作好的研究不如与官员和他们赏识的专家拉关系重要”，这在某种程度上是“浪费资源、腐蚀精神、阻碍创新”。
要打破目前中国科研产出有数量奇迹、少质量惊喜的困局，必须建立起由学术共同体主导的、鼓励自由探索的科研经费分配制度。具体来说，可以借鉴西方发达国家的经验，成立以科学家为主导的研究理事会，打破专家垄断，实行学术民主，杜绝行政干预的影响和人情因素的干扰，最终建立起以学术创新为宗旨的课题申请和科研经费分配制度。
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