1999年高等教育规模的陡升，二级学院这一新的高等教育办学模式得到了较快的发展，2003年下半年达到360多所。为了规范这一新的办学模式，教育部将普通高等学校按新机制、新模式举办的本科层次的二级学院称为独立学院，并于2003年出台了《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》（以下简称《意见》）。截止到2007年，全国有独立学院318所，在校生186.62万人，其中本科生165.68万人，专科生20.94万人。独立学院已经成为高等教育的一支新生力量。
但是，随着高等教育规模的不断扩大，以及独立学院自身的发展壮大，独立学院发展的现实与当初政策设计的初衷越来越远，普通高校与独立学院之间的关系越来越简单，普通高等学校在某种程度上，不但不能促进独立学院的发展，有可能还会成为独立学院发展的桎梏。
普通高等学校与独立学院是怎样的关系？
从当初的政策设计来看，所谓利用公办高校的品牌无外乎出于三个方面的考虑，一是充分利用公办高校的师资力量，二是利用公办高校成熟的管理经验，三是利用公办高校良好的社会声誉。时至今日，状况如何呢？
首先看看师资情况。1998年，普通高等学校的平均规模是 3335人，折合生师比为11.6∶1；2000年，普通高等学校的平均规模为5289人，折合生师比为16.3∶1；2002年，普通高等学校的平均规模为6471人，折合生师比为19∶1；2004年，普通高等学校的平均规模为7704人，折合生师比为16.22∶1。
2002年的生师比已经达到历史的最高点，用本科教学工作水平评估指标衡量，全国平均处于不合格的状况。2004年之所以这项指标有所降低，恐怕与2002年教育部出台的五年一轮的本科教学工作水平评估决策，以及对生师比18∶1的合格要求有直接的关系，各个高校都格外注重了教师队伍建设(当然，这其中也很难排除数据可靠性的疑问，因为，短短的两年时间且仍在扩招的情况下竟有如此大幅度的降低，令人难以置信)。可以看到，普通高等学校的师资资源处于十分紧张的状态。
换句话说，在生师比这项指标上，多数高校能够合格已经是不错了，这其中还得包括兼职教师在内，如果没有兼职教师，全国高校就生师比而言恐怕找不出几所合格的高校。这仅仅是在数量上，教师的结构问题就更不用提了。
如果说，1998年的时候，各个高校尤其是一些办学历史较长、办学水平较高的学校还能有一些过剩的教学能力，到今天，不用说一般高校，就是重点大学也无法再有这个能力了。在这样一种情况下，如果普通高校发扬“风格”，舍“大家”顾“小家”，其结果可想而知。
其次，按照教育部的要求，申办学校必须负责独立学院的教学管理、教师配备、学科建设和教学质量。同时，《意见》中明确规定，独立学院必须做到“七个独立”，即：独立的校园和基本办学设施、独立的教学组织和管理、独立招生、独立颁发学历证书、独立财务核算、独立法人、独立报表。很显然，两项要求既存在逻辑上的矛盾，也存在实践上的冲突。如果按照“负责独立学院的教学、教师配备、学科建设和教学质量”等要求，举办学校就必须深入到独立学院之中，具体进行教学组织、选聘教师等活动，不可能仅靠督导、检查等手段实现这个目的。退而言之，假设举办学校参与了独立学院的教学组织和管理，当发生决策意见不一致时，谁拥有最终决策权？如果独立学院拥有最终决策权，那举办学校又靠什么来“负责”呢？如果举办学校拥有最终决策权，那独立学院的独立办学和法人地位如何体现？再加之目前的普通高校规模都比较大，有的已成为巨型大学，有的是多个校区，学校的自身管理已显力不从心，哪还有心思去管独立学院的事情。
事实上，目前的普遍做法是普通高等学校基本不管独立学院的教学过程，一般的也就参与人才培养方案的制定，抽查教学秩序，等等。二者之间只是一种这样的关系：独立学院利用普通高等学校的招牌；普通高等学校可以得到经济上的回报，一般情况下占学费的30%左右。这是普通高等学校举办独立学院的动力所在。二者之间实际上是一种利益交换关系。
独立学院应独立
通过前面所述，可以说，独立学院利用了普通高等学校良好的社会声誉，在招生上与其他民办高校比处于优势地位，从而也使独立学院的办学实力得到明显增强。
有几点不应忽视，一是一些独立学院在办学过程中的不良行为也严重地损害了公办高校的社会声誉；二是由于制度上的不平等，导致独立学院与其他民办高校不处于一个平等的竞争平台上，损害了其他民办高校的利益，影响了其他民办高校的发展；三是独立学院似乎是一种介于公办与民办之间的办学体制，但它并不是一种真正意义上的新的办学体制，其实质仍是民办。
基于以上分析，笔者认为，普通高等学校与独立学院之间只是“名”与“利”的关系。因独立学院发展的现实已经远离了当初政策设计的初衷，故也就失去了其存在的合法性基础。
因此，将独立学院与普通高等学校彻底脱钩，从而使独立学院真正独立的时机已经成熟。这样，既有利于独立学院的发展，也有利于整个民办高等学校和民办高等教育的发展。之所以如此，一是独立学院可以将更多的办学赢余用于学校的自身发展；二是脱离普通高等学校后，独立学院可以摆脱对普通高等学校的依赖，增强自主办学和竞争意识，形成自己的办学特色，办出自己的品牌；三是使整个民办高等学校居于一个平等的竞争平台上，有利于平等竞争，有利于社会教育资源的合理流动与优化，从而有利于整个民办高等教育的发展，最终形成一个完善的国家高等教育体系；四是可以从根本上剔除那些假投资、假合作等假独立学院，从而营造一个良好的教育环境，办真正让人民满意的教育。
