我国的水能资源主要集中在西部。地处长江上游的金沙江、雅砻江、大渡河流域被称为三江流域。目前，国家在三江干流规划了总装机容量达1.27亿千瓦的水电建设项目，其中金沙江干流规划的装机容量超过7500万千瓦；雅砻江干流规划的装机容量为2856万千瓦；大渡河干流规划的装机容量为2340万千瓦；建成和在建的项目有二滩、龚嘴、溪洛渡、向家坝等10余座水电站。三江干流的水电规划项目若全部建成，将意味着全国1/3以上的可开发水能蕴藏量得到开发。
水能资源的输出并未使三江流域的经济社会发展与全国同步。虽然三江流域为国家经济社会发展输出了大量的水能资源，当地的生态环境也因此受到破坏，但自身并没有因此得到快速发展。2006年，三江流经的四川甘孜、阿坝、凉山这3个少数民族自治州，人均GDP只有8244元，仅为全国平均数的l／2强。
成都电子科技大学教授吴正德说，在三江流域水能资源不断被转化为下游地区经济效益的同时，本地区的经济社会发展却依然十分落后。吴正德建议，在国家即将实施水能资源有偿使用制度时，应首先考虑在三江流域进行试点，使积累的经验更具全局性，推动科学合理的能源及资源利用体系的建设。
吴正德认为，三江流域通过输出水能资源有偿使用也可以从全局上减轻对环境的污染。三江流域水能资源输出能够减少燃煤量，降低有害气体的排放量。仅溪洛渡一座水电站代替火电，每年就可减少燃煤4100万吨，降低二氧化碳排放量约1.5亿吨、二氧化氮排放量近48万吨、二氧化硫排放量近85万吨。
吴正德告诉记者，三江流域贫困落后的状况之所以如此严重，其原因除自然、历史等因素外，缺乏科学合理的能源和资源利用体系，致使水能等生态资源被无偿或廉价使用也是重要因素。首先，水电站建成运营后，企业所得税的60%归中央财政，其余40%纳入企业注册地各级财政。其次，由于水电开发企业一般都在注册地贷款，水能资源输出地银行和政府几乎得不到收益。再次，水电项目从规划到开工，往往都要经过数十年的间隔期。不仅国家不在当地安排其他投资项目，企业投资也裹足不前，导致当地经济发展长期停滞。除此之外，对移民的补偿标准偏离实际。大中型水电站所发电力都并入省级以上电网，在当地没有下载卡口和通道，当地缺电农牧民享受不到电力供应，无法提高生活质量。
吴正德说，三江流域实施各类生态环境保护工程建设以来，有效阻止了水土流失，减少了自然灾害。如，地处大渡河流域的汉源县2000年全县水土流失年侵蚀模数高达756万吨，每年倾入大渡河的泥沙多达170万吨。经过7年治理，该县每年倾入大渡河泥沙数量已减少60％以上。目前，三江流域大部分地区生态环境已进入治理大于破坏的阶段，对水能资源的科学合理利用将产生积极作用。
对于建立水能资源生态效益补偿试点，吴正德建议说，首先应对该地区水能资源的出让权、出让费、开发权进行明确，明确补偿资金的出资主体和受益主体。适当降低中央财政的税收比例；对于水能资源价款和水能资源权利金，应由各级政府根据河流管辖权收取。
其次，设立三江流域水能资源税，作为级差水能资源租金，根据资源的优劣对水电站的超额利润进行调节，按级差收益征税。根据水电站的单位投资成本和水量、水头大小确定起征点和累进税率，作为地税由地方政府征收。对于在三江流域征收的这部分经费，应将其纳入财政预算，主要用于移民区、库区的基础设施建设、公共服务、扶贫开发和环境保护。
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