《自然—生物技术》

用ChIP-seq鉴定细胞基因表达基序

以色列耶路撒冷希伯莱大学Nir Friedman研究团队在研究中取得进展。他们利用针对血浆无细胞核小体的ChIP-seq鉴定了细胞来源的基因表达基序。相关论文1月11日发表于《自然—生物技术》。

在该研究中，研究人员利用染色质免疫沉淀检测了无细胞核小体中活性染色质的修饰，并对268个人类样品进行了测序（cfChIP-seq）。在健康供体中，研究人员发现骨髓巨核细胞而非成熟红细胞是无细胞DNA（cfDNA）库的主要来源。在患有一系列肝脏疾病的患者中，研究人员证明了其可以识别肝细胞转录过程中与病理相关的变化。在转移性大肠癌患者中，研究人员检测到了与临床相关和患者特定的信息，包括转录活性人表皮生长因子受体2的扩增。

总而言之，cfChIP-seq使用较低的测序深度，可提供系统的全基因组信息，并且可以提供诊断信息，有助于使用血样进行生理和病理过程的追溯。

研究人员表示，人血浆中的cfDNA可提供有关器官或肿瘤病理起始过程的分子信息。这些DNA来自于死细胞中的染色质片段，并保留了一些来源细胞的组蛋白修饰。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41587-020-00775-6

《自然—方法学》

新方法完成高精度长读扩增子测序

丹麦奥尔堡大学Mads Albertsen研究团队近日取得一项新成果。经过不懈努力，他们使用Nanopore或PacBio测序的独特分子标识技术完成了高精度长读扩增子测序。 相关论文近日刊登于《自然—方法学》。

在本研究中，研究人员开发了一种高通量扩增子测序方法，该方法结合了独特分子标识（UMI）与牛津纳米孔技术或Pacific Biosciences环形共有序列，可获得宏基因组区域内高精度单分子共有序列。研究人员将该方法应用于模式微生物群落核糖体RNA操纵子的扩增子和基因组序列中，观察到嵌合率<0.02％。要达到平均UMI共识错误率<0.01％，需要UMI读取覆盖率为15倍、25倍和3倍， 其对应的平均错误率为0.0042％、0.0041％和0.0007％。

据悉，相比于短读测序技术，针对宏基因组区域的高通量扩增子测序仍具有挑战性。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41592-020-01041-y

可有效分离纯化外泌体的隔离系统

美国哈佛医学院Luke P. Lee团队等研究小组合作研发了用于检测外泌体的超速隔离系统：EXODUS。相关论文1月11日发表在《自然—方法学》上。

研究人员研发了一种通过EXODUS有效检测外泌体的方法，该方法可以从各种生物流体中自动无标记地纯化外泌体。研究人员通过负压振荡和双耦合振子使膜振动并超高效纯化了外泌体。通过两个耦合振荡器在膜上产生双频横波，使EXODUS在速度、纯度和产量上均优于其他纯化技术。

研究通过纯化113例患者尿液中的外泌体来证明EXODUS的应用，并通过高分辨率和高通量分析验证了外泌体RNA谱的实际相关性。

研究人员表示，外泌体在疾病诊断和治疗中拥有巨大潜力。然而，当前的分离方法复杂并且受速度、产量和纯度低的困扰，限制了其在基础研究和临床上的应用。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41592-020-01034-x