本报讯(记者郭爽)近日,中科院昆明动物所罗雄剑课题组和姚永刚课题组合作,开发构建了精神分裂症的遗传数据库SZDB。该研究成果发表于《精神分裂症通报》。
精神分裂症的病因目前仍不清楚,而遗传因素和环境因素在该疾病发生中发挥重要作用。而SZDB收集了众多与精神分裂症相关的数据,包括遗传研究数据、基因表达数据、网络数据、大脑eQTL数据以及SNP功能注释数据等。通过对这些不同层面的数据进行整合和分析,可鉴别到一些重要的精神分裂症候选基因。
据悉,SZDB主要包括3大模块:搜索模块,该模块主要进行一些常规检索工作,例如SNP的检索和基因检索;分析和工具模块,该模块能实现一些分析功能,如共表达分析、蛋白相互作用网络分析、eQTL分析等;基因模块,该模块收录了各种与精神分裂症相关的数据,包含GWAS数据、拷贝数变异数据、连锁分析数据等。与领域中已有的数据库不同,SZDB引入个性化分析模块,用户可以通过该模块做一些个性化分析(如eQTL、蛋白相互作用、共表达等)。
《中国科学报》 (2017-03-23 第4版 综合)