作者:马永鹏等 来源:《Giga Science》 发布时间:2019/8/2 22:05:26
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解析极小种群植物漾濞槭全基因组

漾濞槭雄花序 姚刚摄

 

记者从中科院昆明植物研究所获悉,该所极小种群野生植物综合保护团队完成了漾濞槭全基因组测序、组装,获得了近于染色体水平的高质量全基因组。这也是目前首例槭树科植物的全基因组报道,相关研究成果发表于Giga Science。

组装完成的漾濞槭基因组大小约为666Mb,其Contig N50达到5.48Mb,Scaffold N50大小为44.92Mb;重复序列占比68.0%,28320个蛋白编码基因得到了从头或基于同源基因的功能注释;通过BUSCO分析得到了95.5%的组装完整性评估。

“通过与葡萄的全基因组共线性分析显示,漾濞槭在核心双子叶共有的一次古基因组六倍化事件后,没有再经历全基因组的重复事件;另外,与葡萄染色体相比,4、6和8号染色体未检测到染色体间的插入或重排,说明漾濞槭染色体中保留了大量祖先染色体成分。”中科院昆明植物所研究员马永鹏说,鉴于漾濞槭高质量的全基因组信息以及染色体进化特征,其可以替代葡萄成为无患子目染色体进化分析最重要的参考基因组。

据了解,漾濞槭是云南省20个优先拯救保护的极小种群野生植物之一,隶属于槭树科的枫属植物,该属植物在产糖、用材和观赏方面都具有重要的经济价值。(来源:中国科学报 高雅丽)

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/gigascience/giz085

 
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