作者:彭旻晟等 来源:《分子生态学资源》 发布时间:2015/3/12 14:20:02
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家养动物线粒体DNA基因组学研究取得进展

昆明动物所等家养动物线粒体DNA基因组学研究取得进展

 

近年来,家养动物线粒体DNA(mtDNA)基因组学得到了迅速发展,积累了大量的mtDNA序列数据。与此同时,一些问题随之浮现出来。除了数据质量存在缺陷(Shi, et al. 2014. Mol Ecol)之外,mtDNA世系划分标准不一,世系命名混乱的问题也已开始干扰家养动物mtDNA的研究工作。

为了系统解决这些问题,中国科学院昆明动物研究所研究员、中科院院士张亚平学科组与生命条形码南方中心王文智开展了合作。借鉴人类mtDNA研究的先进经验,彭旻晟、樊隆、史妮妮等研究人员运用构建mtDNA单倍型类群树(haplogroup tree)的方法重建了8种家养动物(家犬、家牛、牦牛、家猪、马、山羊、绵羊和家鸡)的系统发育关系(phylogeny),此结果作为在线资源DomeTree(http://www.dometree.org)发布,这将为今后的家养动物mtDNA研究提供统一的参考标准。同时,研究人员还开发了相应的数据分析软件MitoToolPy(http://www.mitotool.org/mp.html),可提供突变信息输出、单倍型类群划分、序列质量问题判断等功能。DomeTree和MitoToolPy将通过定期在线更新升级以整合之后发表的mtDNA基因组数据,并有望囊括更多的家养动物种类。

相关研究结果在线发表于国际刊物《分子生态学资源》Molecular Ecology Resources)。(来源:中科院昆明动物研究所)

 
 
 
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