在国家重点研发计划、国家自然科学基金等项目资助下,中国科学院南海海洋研究所研究团队与厦门大学合作,成功揭示了海洋放线菌来源生物碱cyanogramide生物合成途径中P450氧化酶催化酰基迁移形成4-咪唑烷酮的新机制。相关成果近日发表于《德国应用化学》(Angewandte Chemie International Edition)。
生物碱cyanogramide的生物合成途径。研究团队供图,下同
4-咪唑烷酮是一类广泛存在于天然产物及药物分子中的重要活性基团。海洋放线菌源生物碱cyanogramide具有独特的氧化吲哚螺环吡咯并[1,2-c]咪唑烷酮骨架,能有效逆转肿瘤细胞的耐药性。前期研究中,团队基于基因缺失和前体喂养等实验推导了cyanogramide的生物合成途径,阐明了P450氧化酶CyaH催化形成氧化吲哚螺环的新机制,揭示了甲基转移酶CyaF催化吲哚N-甲基化及其底物宽泛性机制,并全面总结了氧化吲哚螺环生物碱的发现、活性及生物合成进展,但cyanogramide中关键药效基团4-咪唑烷酮的酶促形成机制仍不清楚。
研究团队首先通过体内基因重组和体外酶学实验证明,P450氧化酶CyaI负责催化环化形成4-咪唑烷酮,同时能够催化底物的氧化脱甲基和脱乙酰基反应。通过13C同位素标记实验进一步证实,CyaI催化的环化过程涉及分子内C→N乙酰基迁移。结合CyaI与底物3复合物的晶体结构和点突变分析,团队阐释了对催化活性至关重要的疏水氨基酸残基,发现P450酶中高度保守的T245可调控CyaI的反应方向,促进酰基转移生成4-咪唑烷酮。
细胞色素P450氧化酶催化C→N乙酰基迁移生成4-咪唑烷酮机制。
基于底物与产物的结构特征及P450催化基团迁移的反应规律,团队提出了两条可能的酰基迁移路径:由FeIII-OO-起始,经Baeyer-Villiger中间体(Route A);由FeIV=O(Cpd I)起始,经两性离子中间体的催化路径(Route B)。随后,通过合成Baeyer-Villiger中间体并进行体外酶学测试,结合化学计算排除了Route A的可能性。最后,通过元动力学模拟获得了具有反应活性的近端构象,该构象有利于生成两性离子中间体,随后依次发生1,2-C→C酰基迁移和1,3-C→N酰基迁移,最终经自发环化生成4-咪唑烷酮。
该研究不仅拓展了P450酶的催化谱系,也为开发新型生物催化剂奠定了基础。
相关论文信息:https://doi.org/10.1002/anie.7360177
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