近日，中国科学院昆明动物研究所（以下简称昆明动物所）张晓明、吉学平，联合复旦大学王传超等国内外团队，对苏门答腊岛北部Loyang Mendale洞穴出土的古人类遗骸进行了深度测序。

该研究获得了距今约3300年和1700年的两例西印尼人群古基因组，是目前西印尼最早的人群古基因组数据。研究团队结合岛屿东南亚地区已发表的距今约7000至200年的古基因组，研究系统重建了印尼群岛东西部人群的遗传历史。

该研究首次以印尼西部高质量古基因组证据证明，华莱士线不仅是经典生物地理分界线，也是理解海岛东南亚史前人群分化的重要地理屏障。

相关成果在《交叉科学》（iScience）在线发表。

科考现场。

苏门答腊关键遗址古基因组的构建

印度尼西亚是世界上岛屿最多、遗传多样性最复杂的地区之一，地处亚洲大陆与大洋洲之间的海上十字路口。著名的生物地理分界线“华莱士线”将其分为东西两部分，两侧在人类文化和遗传上也存在显著差异。

然而，受热带高温高湿环境制约，古代DNA保存极为困难，印尼西部长期缺乏高质量的古基因组数据，限制了对该地区遗传结构演化机制的深入理解。

2023年以来，昆明动物所与印尼国家研究与创新署签署了合作协议，并开展了互访和联合考古调查。

苏门答腊岛北部洛央门达洞穴的文化层序列，记录了和平文化、南岛语族文化和东南亚大陆新石器文化等阶段的考古证据。最早的地层（距今约8430–5040年）包含石器和软体动物遗骸，为典型和平文化特征。中间阶段（距今约4980–1740年）出现南岛风格的磨制石器、装饰品和红衣陶器；最上层（距今约2330年后）则包含Sa Huynh-Kalanay风格陶器和墓葬。该遗址是研究连接东南亚大陆和平文化传统、海岛南岛语族人群扩张和印尼西部新石器时代农业人群演化的重要考古节点。

研究团队采用先进的单链文库构建和靶向捕获技术，在热带高温高湿环境下，成功提取高质量基因组数据，并通过DNA末端损伤模式和污染率评估等方式，对古DNA的真实性进行了严格验证，最终获得的两例距今约3300年和1700年的古基因组。

这是目前印尼华莱士线西部最早的古基因组证据。

样本的遗传结构显示：其祖源构成为43.3%的南岛语族人群成分、29.1%的和平文化人群相关成分和27.6%的东南亚大陆新石器晚期至青铜时代人群相关成分，与考古学证据完美呼应。洛央门达遗址叠压的文化层——从和平文化石器到早期南岛语族风格的陶器，再到后来的大陆东南亚文化因素——在基因组变化中均能找到对应，说明这些文化变化的背后不仅是技术和器物的传播，更伴随着真实的人群迁徙与融合。

两阶段演化模型

研究团队提出了印尼东西部遗传差异形成的“两阶段”模型。

第一阶段（全新世早期或更早时期）：早在全新世早期，印尼东西部就已存在显著的遗传差异，西部采集狩猎人群可能与大陆东南亚的和平文化人群亲缘关系更近，印尼东部则以巴布亚相关祖源为遗传基础，这与华莱士线的地理隔离高度契合。

第二阶段（新石器时代及以后）：约距今4000～5000年开始的南岛语族人群扩张，为印尼东西全境带来了早期南岛语族遗传成分，但并未简单替代原有深层祖源成分，随后西部地区多次接受了来自大陆东南亚的基因流，东部地区则经历了巴布亚相关人群的回流。最终塑造出现代印尼人群“深层分化、多层叠加、区域延续”的遗传格局。

研究揭示，印尼群岛现代人群的形成并非单次迁徙或单一祖源替换的结果，而是早期区域分化、南岛语系扩张、东南亚大陆人群迁徙和巴布亚相关人群回流共同作用的结果。

这一发现为理解南岛语族起源与扩散、海岛东南亚跨岛迁徙网络以及全球海岛人群多样性形成机制提供了新的关键证据。

相关论文信息：https://doi.org/10.1016/j.isci.2026.115974

印度尼西亚群岛东-西遗传分化形成历史模型。本文图源：昆明动物所