12月15日，中国农业科学院农业基因组研究所（以下简称“基因组所”）、佛山鲲鹏现代农业研究院（以下简称“鲲鹏院”）研究员唐中林/易国强团队与荷兰瓦赫宁根大学教授Martien A. M. Groenen课题组在iMeta在线发表了最新文章。该本研究通过对不同猪品种的基因组、转录组和甲基化组数据进行整合分析，解析了猪复杂性状形成和表型分化的遗传基础，揭示了中外品种猪骨骼肌生长发育和产肉性状差异形成的表观调控机制，为加强猪的遗传改良计划提供了宝贵的资源。

猪约1万年前在安纳托利亚和中国南方分别被独立驯化为重要的全球农场动物。自然选择和人工选择的综合作用促成了约600个不同品种的形成。尤其是在过去100年中，西方猪种因体重、生长速度和肌内脂肪含量等经济性状被强烈选择，与东方猪种相比呈现显著差异。研究猪驯化和育种背后的遗传变化和选择机制具有重要的生物学、医学和经济价值。

在过去十年中，多个研究揭示了猪驯化的关键遗传结果，并鉴定出多种与表型多样化相关的数量性状位点（QTL）和基因。这些关键基因的发现加速了猪育种进程，但仍有许多遗传决定因素未被揭示。为了填补这一空白，需要更大规模的样本和涵盖更多猪种的全面遗传调查。

该研究通过整合9个高质量猪基因组和1081个重测序数据集，构建了全面的猪泛基因组和遗传变异数据集，为复杂性状分析奠定了基础。该数据集识别了与脂肪沉积、肌肉生长和免疫功能相关的选择性扫描信号及基因，为育种提供了遗传标记。结合27个肌肉发育阶段的转录组和甲基化组数据，揭示了东西方猪种肌肉生长差异的表观遗传机制。研究发现，人工选择影响DNA甲基化和基因调控，从而影响肌肉生长和肉质。关键基因如GHSR和BDH1调节骨骼肌发育和肉类生产，ABCA3影响免疫反应和肺损伤，而BRCA1则与脂肪细胞生长和脂肪沉积相关。

数据表明，脂肪型猪和瘦肉型猪种之间猪肉产量的巨大差异归因于骨骼肌发育的异时性，人工选择是肌肉生长的关键驱动力，尤其是对于产前肌肉的发育。研究结果为东西方猪的（表观）遗传及表型分化提供了新见解，并提出了一些未来猪育种和人类生物医学研究的重要潜在候选基因。

相关论文信息：https://doi.org/10.1002/imt2.250