在19世纪的正统宗教和生物学思想中，物种概念包含着三个基本思想，其中最明显的是不可再分观念。即物种“猫”的概念中，包含所有个体的猫，而其他动物都被排斥在外，与之毫无关联。这种思想可以追溯至亚里士多德时代，受到人们日常经验的支持，柏拉图唯心主义哲学思想也表现出对这种观念的支持：正是那些在个体猫上未能全部表现出来的猫的本质属性，才是理性思维所要思考的内容。

 

最终，《创世纪》教义将柏拉图哲学与普通经验结合起来，提出了上帝造物的思想。

 

上帝造物的思想，包含两个方面的内容。

 

一是万物是由上帝一次性地创造出来的，“亚当给它们起了什么名字，它们就叫什么名字”。林耐（Linnaeus）的分类学方法，沿袭了这种物种间并无关联的、不变的思想。

 

18世纪，随着动植物标本采集量的增加，以及对物种的系统研究分析，原本用来区分不同物种的差异变得不再成立。在开始写《自然系统》时，林耐坚信“种”作为分类单元的绝对性。但到了晚年，他也发现区分一个种和它的变种变得越来越困难，于是他在“种”之上又增加了“属”的单元，但他始终没有公开质疑“物种不变”的正统思想。

 

二是每个物种的设计都非常完美。这种观念在当时受到自然神学的支持。1836年达尔文随小猎犬号归来之时，一位剑桥哲学家仍然认为：“整个地球，从一极到另一极，从周边到中心，总是把雪莲放在最适合它生长的地方。”在这种表述中，他强调的不是生物的适应性，而是造物的神奇。

 

而这种思想在达尔文归来的60年前就曾受到怀疑论者休谟（Hume）的挑战，他在《关于自然宗教的对话》中写道：“我们不能因为现在的适应状况良好，就去否认以前可能存在的不理想状态。”

 

 

许多人认为，达尔文和他的《物种起源》受进化地质学的影响最为深刻。在登上小猎犬号时，他随身携带着当时最伟大的地质学家查尔斯·莱尔（Charles Lyell）的《地质学原理》第一卷。当小猎犬号（Beagle）航行到南美时，他又得到了《地质学原理》的第二卷。在达尔文的自传中，他曾这样写道：“这本书从许多方面来说，都使我受益匪浅。当我考察佛得角群岛的圣地亚哥岛时，便清楚地体会到莱尔地质学研究方法的优越……”他在另一篇书信中更强烈地表达了这种影响：“我总感觉我的著作一半是受了莱尔的启发，对此我总是感激不尽……它（《地质学原理》）改变了一个人的思维模式。”

 

拉马克（Lamarck）是一位法国博物学家、推理进化论者，他早在1809年发表的《动物学哲学》一书，就创立了生物进化论。他在达尔文之前就注意到了环境的变化能影响动植物的习性与构造，使它们朝着有利于自身生存的方向发展。

 

然而，进化地质学与进化生物学，在19世纪初有着显著的区别。此时的进化地质学已经脱离了思辨哲学的范畴，进入科学范畴，也更早地成功挑战了《圣经》的创始说。凭着对自然界和特殊地质变化过程的明确认识，进化地质学家提出需要数百万年的地球发展史，才能解释地球上复杂地貌的形成过程。而根据《圣经》记载，从创世到基督诞生只有4000多年。于是在与神学旷日持久的斗争中，进化地质学家凭着无可辩驳的证据，最终获得了胜利。

 

而进化生物学的状况则相差很远，在达尔文之前，进化生物学基本上仍是一种理论推测，没有任何进化演变过程或机理方面的知识作为支撑，因此专业地质学家连同神职人员一起质疑它的理论基础。

 

尽管像莱尔这样的进化地质学家愿意接受生物进化的思想，但他却无法接受拉马克的进化理论，认为那不过是凭空臆想。由于缺乏有说服力的进化机理，莱尔这位当时最伟大的进化地质学家，对当时所有的进化生物学思想都不予以认真考虑。直到他最终被达尔文发现的进化机理所折服。

 

 

在跟随小猎犬号5年的考察中，达尔文有意识地收集生物进化的证据。在加拉巴哥群岛考察时，达尔文发现每个岛屿上的陆龟及雀鸟并没有很大的差异，但又有些许的不同。他又发现加拉巴哥群岛的生物与南美洲大陆的种类非常相似。于是他开始怀疑岛上生物可能有共同的祖先，他们之间的差异是由于千百年来适应各个岛屿不同环境的结果。同时，他开始注意挖掘古生物化石，这些化石使他确信生物的进化确实发生过。

 

考察经历和收集到的证据，使达尔文确信生物是可变的，但促成生物进化的动力是什么？1838年，他偶尔读了马尔萨斯（Malthus）的《人口论》，从中得到启发。马尔萨斯是一位神职人员，他指出：生物的数量往往以几何级数增长，会耗尽环境资源，因此，它们之间存在着不可避免的生存斗争，这样的事也会发生在人类社会。

 

尽管《人口论》是那个复杂时代的产物，充斥着完美创世的理念。但“生存斗争”的思想却提示了达尔文，成为达尔文进化论的基石之一。达尔文开始意识到，当种群数量不断增长，它们所在环境的资源即将耗尽时，自然界自有办法解决资源的供需矛盾。在某个遗传多样性极为丰富的物种中，自然选择会“清除”一些优势特征较少的个体。另外，如果同一物种的两个群体长时间隔离，它们很可能发展成完全不同的物种，并且不能相互交配。

 

1859年11月24日，《物种起源》正式发表，达尔文进化理论诞生了。

 

在《物种起源》中，达尔文提出了两个基本理论，第一，他认为所有的动植物都是由较早期、较原始的形式演变而来；其次，他认为生物进化是通过自然选择而来。“自然选择”是达尔文进化论与他的前辈理论的最大差异，它解决了进化机理中至关重要的附属问题。

 

《科学时报》 (2009-5-27 A3 每周聚焦)