据中国之声《新闻纵横》报道，1月13日，复旦大学学术规范委员会公布对知名学扎朱学勤被指抄袭的调查结果，认为指控不成立。但11天过去了，事件并不像意料中那样转向平静。23日下午，互联网打假人方舟子一个半小时内连发两篇博客，质疑复旦的调查结果，坚持认为朱学勤有抄袭行为。下午4点19分，方舟子的博客说：请复旦大学学术规范委员会重启调查朱学勤抄袭案，同时将自己的4个理由一一列举。博文的第一句就特别提示：他已通过邮局把这封信快递给复旦大学学术规范委员会主任、哲学学院教授俞吾金。方舟子接受中国之声记者专访时表示，他其实对回应的结果并不乐观：
方舟子：我不知道他们会不会给我一个回应，按照复旦大学的有关规定，它应该给一个回应，会有一个什么样的结果，我倒不是很乐观，我估计他们可能会一直拖着不给结论，或者说继续维持前面的结论，这些都是有可能的。
而对于方舟子不折不挠的追究，朱学勤表示，欢迎包括方舟子在内所有人的质疑：
朱学勤：我欢迎任何人善意的哪怕是尖锐的投诉批评，当初它是一个匿名的网文，现在方舟子愿意以真名实姓向委员会投诉，更应该欢迎呀。
不过，朱学勤也认为，批评需要以事实说话，自己引用的东西都已经做注解表明，而一般性的叙述没有必要做注。
朱学勤：正常的程序得出来的权威的学术鉴定不是哪一个人就能够说了算，也不是哪一个人就能推翻的。凡是引用别人的东西我都做了注了，我们做历史学的一个行规。我记得复旦大学的结论里面有一句话是回答这个问题的，除了一些独特的史料和特殊的观点必须做注解之外，一般性的叙述是没有必要做注的。
所有这些今天方舟子讲的东西他都是在重复7月份在网上已经出现的网文，我在8月18日给复旦大学的九千字的陈述词里面都回答了这些网文的指控，列举了详尽的事实，我现在要求复旦大学学术规范委员会，在适当的时候公布我这个陈述词，到那个时候事实更强劲了。
对于朱学勤强调的注解，被方舟子解读为抄袭甚至胡乱翻译。23日下午5点48分，距离第一篇博客发表时间1个半小时后，方舟子再次发表博文，文章明确指出：朱学勤的性质比汪晖的严重。而之所以得出这样的结论，方舟子自信地说，因为他手里有网友提供的有力证据：
方舟子：有一些网友就挖掘出朱学勤的抄袭另外一本书，我看了一下发现抄袭的问题比我当初想象的要严重的多，除了抄袭还存在翻译的问题，很多翻译都是错的，而且错的非常低级，给我感觉他不具有阅读英文著作的能力的，就在那里乱翻，仅仅从乱翻译这一点来看，也可见他的博士论文是不够格的。
方舟子提出复旦“袒护”朱学勤，朱学勤表示，调查结论是由复旦学术规范委员会集体研究得出，并不是某个人的作用，应该认可现有的学术调查制度。但如果有其他机构来调查，他也有信心面对。而至于方舟子还把自己与汪晖对比，认为“他的抄袭比汪晖严重”，对于这些，朱学勤回应说：
朱学勤：我对汪晖不予置评，他说我这1.8万字看都不看就抄下来，我想这个是不符合事实的。
朱学勤：我心里是有底的，事发的第二天，《人民日报》记者在采访我，我就说了三个字“读书吧”，去读原著就是了，看看我原著第一页开始是怎么注释的，一直到最后一页，只要读了原书就知道真相了。
方舟子表示，对于这次实名投诉复旦大学学术规范委员会的反应，他已经做好了多种准备。如果他不能如愿，他能做的，就是继续写写文章，同时将所有的证据公之于众，他认为这是还原事实的一种方式。
方舟子：如果说复旦大学他不理睬我，或者说整个结论还是不是我想看到的，我也没有办法，最多就是写点文章批一批，把所有的资料汇总在一起做一个专题，把它当资料保留下去，我最多就是只能是做到最多，让更多的人知道事实的真相是什么，这是我能够做到的。
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