北京大学生命科学学院院长饶毅大概没有想到，2008年10月，他会迎来一场异常激烈的网络公开论战。
2007年9月25日，作为北京大学首位通过全球招聘的院长，哈佛大学生物化学和分子生物学系博士后饶毅走马上任。这位因为研究神经发育的分子生物学而闻名于业内的学者，从上任之初就开始对学院的管理制度进行大刀阔斧的改革。其中最主要的，他否决了北大现行的实验室交接制度。
根据北大原来的习惯，一般在领导实验室的教授退休后，如果有副教授，那么副教授自动接管实验室。而饶毅决定中止这种模式，并提出要在全球范围内“海选”合格的接班人。
方案触发了和他任职于同一学院退休教授崔克明的不满。2008年10月9日开始，崔克明在博客上陆续发表文章，对饶毅的改革进行公开批评。其中更直接表示：“为避免祖师爷一手创建的木本植物发育生物学实验室在学院的改革中被‘关停并转’，同时，也为实验室的接班人着想，请‘掌门’饶毅刀下留人，放过该实验室一马，请勿将基础学科‘赶尽杀绝’。”
10月17日，不再沉默的饶毅，也在自己的博客中进行了公开回复。一场两位教授间的博客论战，就此展开。相关博文迅速被转贴到北大BBS上及其他门户网站，这在中国的学术界，尚属罕见。
饶毅和崔克明之间论战的焦点，就是崔克明眼下负责的“木本植物发育生物学实验室”今后的出路。该实验室是张景钺教授1932年回国后创立的，也是中国第一个开展植物形态学研究的实验室。崔克明于2006年2月退休，但在2005年作为项目负责人，又申请到一项国家自然科学基金重点项目，为期4年。按照北大的规定，在项目结题之前，他可以继续主持实验室的日常工作。
如果按照饶毅的方案，2009年12月底崔克明的项目结题以后，实验室的使用权将被学院收回，实验室的PI(独立的试验室负责人)则不能直接由原有的副教授担当，需要进行公开竞聘。而实验室是否还能继续目前的课题研究，也需要重新讨论决定。
饶毅对记者表示，自己并不赞成目前在国内高校和科研机构“大教授培养小教授”的方式。国外诺贝尔奖得主，一般都不能将自己的属下留在本校担任教授。而中国本来就没有多少真正有特色且高水平的实验室，如果再默许“老教授带小教授”，不仅会形成派系之间的矛盾，还会降低实验室的业务水准。
“我上任不久后，就和全体副教授开过会，讲明前景。如果他们能在几年内可以成为独立PI，很好。如果不行，他们应该考虑加入其他实验室，或者做更为称职的工作。我们所确立的新规则，并不单纯针对学院的某个实验室。就算某个实验室原来是数一数二，但是如果老教授离任后，没有合适的人选来接任，则不会照顾内部人选，让它勉强存活。对于实验室的去留问题，应该由同行共同评议，看它对本学科是否还有意义。”
饶毅说，目前学院绝大多数实验室都做基础研究，都属于基础学科，所以谈不上对基础学科的“赶尽杀绝”。“崔老师的意见有些道理。但是学院资源有限，不可能同等支持所有学科。冷门学科，如果确实有前景、有意义、有人、有能力，可以发展。但如果没有这些条件，也不能内定人选，硬是保留一个奄奄一息的实验室。”
然而，崔克明显然并不认同饶毅的观点。他在博客中反击道：“他还要凭自己的智慧决定那个学科陈古落后而将之淘汰。可是我还没听说历史上哪个学科被淘汰了，而是向前发展变化了，小心走了当年苏联李森科的老路。（李森科实际研究的是植物生理学中的春化作用，他否定遗传学，从政治上打击遗传学家，学术上是学阀。）”
崔克明告诉记者，自己曾经警告过饶毅，改革的结果会使他也沦为像李森科一样的学阀。崔克明说，自己与饶毅的辩论，并不仅仅关乎他个人及其副手。“几年来，大家都在批评科技界的浮躁和急功近利，严重影响了原始创新的开拓性研究。因此当我听到饶毅的一些改革措施后，感到也是在助长这种环境，我希望国家有关部门和各级领导重视基础研究和基础学科的发展。”在崔克明看来，一些有价值的基础学科，最合适的实验室继任人选，还是熟悉它的人。如果因为对外招聘不能选举贤才就关停实验室，对于学科而言，也是非常不公平的。
博客的辩论，一直进行得很激烈。然而在两位当事人的身后，众多的旁观者也开始纷纷表态。令人意外的是，崔克明的老师，李正理教授毅然支持饶毅的改革。这位今年90岁高龄的中国植物学界权威泰斗，已经退休多年，他认可唯才适用的实验室交接制度，也表示任何实验室的将来都要由它在学科领域的实际功用来决定。
此外，记者从饶毅和崔克明的博客上发现，很多网民对饶毅的改革都表示支持。有网友留言说：“对于崔教授和饶教授各自文章所表达的观念，我支持饶教授的观念：竞争上岗，近可不避亲仇、远可接纳贤士。让学科的专家来评估，严谨的科学选人态度，是一门学科健康发展的保证。”
一位不愿意透露姓名的北大教授也告诉记者，目前在北大校内，更多的人站在了支持饶毅的立场上，在生命科学学院，这种情况更是明显。
“饶毅院长的改革理念是对的，我也赞成他的观点。”北京市农林科学院研究员张培君对记者说，目前我国很多科研究机构，包括高校在内，行政色彩一直比较浓厚，副手直接接班的现象也十分普遍，但这并不是挑选科研机构负责人最科学的方法。
张培君表示，我们国家现在很多科研机构整体科研水平不高，与国外存在很大的差距，其中很重要的原因之一，就是受制于人才聘用制度中的裙带关系。“饶毅从海外归国，带回的不仅是先进的技术与方法，还有先进的管理理念。发展基础学科不是一句空话，如果我们一味守旧，内定接班人，那么很多在国外的优秀人才，又有什么机会回国效力呢？失去了这些鲜活的力量，学科又怎么可能健康地向前发展呢？”
争论尚未见最后分晓，不过对于饶毅而言，也有欣慰的成分。“崔克明教授正大光明地提建议和意见，是好事。在中国很多大学，背后提意见、放冷箭的人多得很。我虽然不完全同意崔老师的意见，但是，我赞赏他光明磊落的风格。我们讨论的观点与问题，其实并不局限于北大，而是很多大学都面临和关心的。”崔克明也告诉记者，他和饶毅在学科发展的基本态度上是一致的，只是具体的做法存在分歧。“这种讨论是正常的、有益的，我认为在全国开展这样的讨论也是必要的。”
